HDU 1080 Human Gene Functions

最长公共子序列的变形

题目大意：给出两个基因序列，求这两个序列的最大相似度。

题目中的表格给出了两两脱氧核苷酸的相似度。

 

状态转移方程为：

dp[i][j] = max(dp[i-1][j]+Similarity(s1[i], '-'),
                     dp[i][j-1]+Similarity(s2[j], '-'),
                     dp[i-1][j-1]+Similarity(s1[i], s2[j]));

注意边界的初始化。

 

 1 //#define LOCAL

 2 #include <iostream>

 3 #include <cstdio>

 4 #include <cstring>

 5 #include <algorithm>

 6 using namespace std;

 7 

 8 char s1[105], s2[105];

 9 int dp[105][105];

10 

11 int table[5][5] = {

12      5, -1, -2, -1, -3,

13     -1,  5, -3, -2, -4,

14     -2, -3,  5, -2, -2,

15     -1, -2, -2,  5, -1,

16     -3, -4, -2, -1,  0

17 }; 

18 

19 int max(int a, int b, int c)

20 {

21     return max(max(a, b), c);

22 }

23 

24 int f(char c)

25 {

26     if(c == 'A')    return 0;

27     if(c == 'C')    return 1;

28     if(c == 'G')    return 2;

29     if(c == 'T')    return 3;

30     if(c == '-')    return 4;

31 }

32 

33 int Similarity(char c1, char c2)

34 {    return table[f(c1)][f(c2)];    }

35 

36 int main(void)

37 {

38     #ifdef LOCAL

39         freopen("1080in.txt", "r", stdin);

40     #endif

41 

42     int T;

43     scanf("%d", &T);

44     while(T--)

45     {

46         int len1, len2, i, j;

47         dp[0][0] = 0;

48         scanf("%d %s", &len1, s1+1);

49         scanf("%d %s", &len2, s2+1);

50         for(i = 1; i <= len1; ++i)

51             dp[i][0] = dp[i-1][0] + Similarity(s1[i], '-');

52         for(i = 1; i <= len2; ++i)

53             dp[0][i] = dp[0][i-1] + Similarity(s2[i], '-');

54         for(i = 1; i <= len1; ++i)

55             for(j = 1; j <= len2; ++j)

56                 dp[i][j] = max(dp[i-1][j]+Similarity(s1[i], '-'),

57                                 dp[i][j-1]+Similarity(s2[j], '-'),

58                                 dp[i-1][j-1]+Similarity(s1[i], s2[j]));

59 

60         printf("%d\n", dp[len1][len2]);

61     }

62     return 0;

63 }

代码君