lammps的应用专题

LAMMPS分子动力学程序是一款开源免费的软件，可以模拟气态、液态、固态及混合态体系，LAMMPS软件计算速度快，计算能力强，用户使用LAMMPS既可以根据程序原有功能进行in文件编写进行模拟又可以自行编码开发出自己需求的功能。

lammps分子动力学
赠送视频内容 MD基础知识
分子动力学模拟入门理论——掌握LAMMPS的in文件中实现这些功能的命令
系综理论、主要算法介绍、单位制
积分步长的选取、温度和压力控制、
周期性边界条件
力场简介
分子动力学模拟流程

LAMMPS基础入门
1 LAMMPS的基础入门——初识LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？
1.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用
1.2 in文件结构格式
1.3 in文件基本语法：结合实例，讲解in文件常用命令
1.4 data文件格式
1.5 LAMMPS常见错误解决途径
实例操作：
运行并理解跟自己科研方向相近的例子。

LAMMPS进阶（石墨烯、金属材料模拟专题）
2 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率
实例操作：
2.1 把剪切模型转换成拉伸模型
2.2 lattice命令石墨烯、金属、合金、高熵合金不同形状模型
2.3 石墨烯(不同力场)、金属、合金、高熵合金等拉伸剪切力学性质模拟

LAMMPS进阶（纳米流体模拟专题）
3 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率
实例操作：
3.1 把二维couette和poiseuille流动扩展成三维模型
3.2 建立三维管道内的poiseuille流动
3.3 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟
3.4 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响
3.5 学习使用packmol，建立复杂混合溶液体系模型
3.6 模拟KCl等盐溶液的纳米流体流动

LAMMPS进阶（热传导模拟专题）
4 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率
实例操作：
4.1 理解导热系数意义
4.2 掌握lammps计算导热系数的几种方法
4.3 碳纳米管等导热系数的模拟计算

LAMMPS进阶（多成分体系模拟专题）
5 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率
实例操作：
5.1 金属、合金、高熵合金的摩擦模拟
5.2 材料切削模拟
5.3 夹层结构(graphene/C60/graphene)在不同粗糙度条件下的摩擦模拟复现

LAMMPS进阶（金属、半导体材料的辐照模拟）
6 离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟
6.1 建立模拟体系的初始模型
6.2 PKA动能、位移随时间变化
6.3 点缺陷结构可视化
6.4 点缺陷的数量随时间变化
6.5 点缺陷的空间分布及演化过程
备选内容，根据课堂进度和学员情况决定 VMD、OVITO、msi2lmp等有机小分子建模，模型合并及模拟的轨迹文件处理等。

自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型
7 LAMMPS分子力场文件创建及MOFs材料建模
7.1 介绍固体材料单晶包试验数据结构，掌握基本的材料几何特征
7.2 利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型
7.3 讲解分子作用势能函数，学习编写MS软件中的力场参数文件（off文件）
7.4 简单介绍巨正则系综Monte Carlo方法
7.5 利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料
7.6 编写LAMMPS力场文件（frc文件），并通过lammps程序生成data文件
7.7 运行能量最小化及体系的预松弛
7.8 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。
实例操作：金属有机框架（MOFs）储氢和碳捕集模拟，计算密度分布，分子的MSD等性质。

分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟
8 研究H2/CO2在ZIF-7膜材料中分离性能——模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359的分离过程
8.1 利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包
8.2 设计H2/CO2与ZIF-7体系模型，再现文献“Science 346 (6215), 1356-1359”的实验过程。
8.3 自定义分子力场文件（frc文件），通过lammps程序生成data文件
8.4 运行能量最小化及体系的预松弛
8.5 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。
8.6 采用VMD查看动态轨迹
8.7 数据分析，计算RDF，MSD，密度分布，选择性等
实例操作：VMD中查看可视化的动态轨迹，计算密度分布，分子的MSD等，抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析。

可以联系微信：13683318513（余老师）