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一个基因或一种蛋白质

1、在DNA水平上

这个基因的基因组位置是什么？
它是否有串联复制的副本？
基因的外显子/内含子结构是什么？
基因内是否有可转座子元素？
表观遗传学条例？
转录因子结合？

• geneXplain TRANSFAC功能数据库（转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合的profiles的数据库）
• Softberry在线比对寻找生物启动子和启动子模型

2、在转录层面

该基因是否有替代剪接？
该基因是否有替代启动子？
替代多腺苷酸化部位？
RNA编辑？
转录效率和GC含量？
由miRNAs调节？反义RNAs？piRNAs？

• miRBase数据库（提供了285个物种中已知的所有miRNA信息）

该基因的表达模式是什么？

• GEO，国际公共数据库（收录并整理了全球范围内研究工作者上传的微阵列芯片、二代测序及其他形式的高通量基因组数据）
• ENCODE，DNA元素百科全书（为了解基因组当中的调控反应，利用高通量的测序技术来进行分析的

• GTExPortal，基因的多器官组织表达量分布图

RNA修饰是否影响基因的功能？

• THE RNA INSTITUTE，RNA Modification Database，收录RNA

3、在蛋白质水平上

该蛋白是否有保守的结构域？
该蛋白的亚细胞定位是什么？
二级结构？
三维结构？
蛋白质变性？
与其他蛋白质的相互作用？

• RCSB PDB，蛋白质结构数据库
• UniPort，蛋白质数据库（包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引，EBI）
• THE HUMAN PROTEIN ATLAS，人类蛋白图谱（查询蛋白在各种组织、细胞中的表达）
• SMART（用于蛋白质结构域鉴定、注释的在线分析工具，数据与UniProt、Ensembl和STRING数据库同步）
• ExPASy（大型综合性在线工具，用于生物信息学的在线工具合集，从基因组学、蛋白质组学和结构生物学，到进化和系统发育、系统生物学和医学化学，自动与每个资源的最新版本保持一致）

一组基因/蛋白质

序列相似性搜索，多重序列比对

• Clustal多重序列比对

系统发育树的构建——MEGA等
常见motif搜索

• TRANSFAC功能数据库
• MEME suite，motif挖掘和分析工具（从批量数据中鉴定出某些保守的motif）
• WEBLoGo（基于多序列比对，以图形的形式将保守区域展示出来，总高度表示此位置上的序列保守性，单个碱基代表出现的频率。seqlogo图可以直观清晰的反应序列偏好特征，每个位置出现的碱基或氨基酸类型反映了该位置序列的偏好性，每个字母的大小与该碱基在该位置上的出现频率成正相关。这种表现方式对研究转录因子结合、RNA修饰等有重要指导意义，时常被应用到论文中）

调节通路/机理分析——DAVID、Gene spring、Pathway Studio

• DAVID（在线免费分析软件，可以为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，主要用于差异基因的功能和通路富集分析）
• Gene ontology consortium（适用于各种物种的、对基因和蛋白功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。分别从分子功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述，一个基因对应有一个或多个GO term（GO功能），一个term对应多个gene。）
• GOEAST（生成具有详细信息的表格和图形输出、支持对最多3个实验的GO术语富集状态进行比较、支持对最多3个实验的GO术语富集状态进行比较）

芯片

检查杂交数据的质量
鉴定差异表达基因（Bioconductor， GeneSpring）
异表达基因之间的相关性（Pathway调控–DAVID；Gene function correlations功能–Gene Ontology）

高通量测序数

• ISRNA
• Expression Atlas（查询基因、lncRNA、microRNA等分子在各种条件、各种疾病中的本底和差异表达）
• GENEVESTIGATOR，基因研究的网站（查看大量关于基因研究的数据和文章，例如基因表达、数组表达式等，还有关于生物扰动作用和相关研究报告等信息）

一系列测序数据

• galaxy线生信分析平台
• genepattern（强大的基因组学分析平台,该平台整合了大量的基因表达分析、蛋白质组学分析、SNP分析、流式细胞分析、RNA-seq数据分析等）
• Plob（专注于生物信息相关领域“图书馆”,它主要专注于收集、整理和记录生物信息学、基因组学、转录组学、蛋白质组学等相关领域的资料）
• BioGRID（公开的数据库，主要记录、整理包括蛋白、遗传和化学互作的数据，涵盖人类和所有主要的模式生物。）

生物学问题

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