python dicom 三维重建_CT扫描图的三维重建

文件格式：raw/ mdh/ dicom/ nii/ nd

| 文件类型

位深度(Bit Depth)是数位影像中所有的像素所呈现出来的色调数量。1 bits = 2 tones也就是单存的黑与白，完全没有灰色调

2 bits = 4 tones是由黑白加上2种灰色调

4 bits = 16 tones则是黑白加上14种灰色调

8 bits = 256 tones就是黑白加上254种灰色调，256色阶称为连续色阶(Continuous tone)

12 bits = 4096 tones黑白加上4094种灰阶这是目前大多数数位单眼(DSLR)感应器所能纪录的色阶

16 bits = 65536 tones黑白加上655345种灰阶，这是16bit Tiff 所能纪录的色阶

一、RAW

读入的.raw是一维数据，需要说明书以重建

import numpy as np

img = np.fromfile(r'fileroad',dtype='uint8')

img

img.reshape()

二、BMP

BMP是英文Bitmap(位图)的简写，它是Windows操作系统中的标准图像文件格式，能够被多种Windows应用程序所支持。随着Windows操作系统的流行与丰富的Windows应用程序的开发，BMP位图格式理所当然地被广泛应用。这种格式的特点是包含的图像信息较丰富，几乎不进行压缩，但由此导致了它与生俱生来的缺点--占用磁盘空间过大。

三、tiff

|3D Slicer

用于医学图像的分析(包括配准和交互式分割)和可视化(包括3D渲染)以及用于图像引导治疗研究的软件平台

功能：可以对病灶进行建模、3D打印，定位、制定手术规划、手术预演、与家属交代病情、多模态融合(比如镰旁脑膜瘤患者将肿瘤、纤维束、动脉、静脉全部融合在一起)。

主要是两个功能模块：

1)切割特定部位建模过程 ：吃CPU和内存(AMD3990X DDR4128G)

2)对整体进行渲染：吃GPU(RTX3090)

对分辨率为2320*1472的图片进行重建，使用的是租用的云服务器，建模慢一点但从没崩溃，渲染崩溃多次，无法进行渲染，正准备建模(压缩成8位tiff

一、界面介绍应用菜单：文件/ 编辑/ 查看/ 帮助

工具栏：数据加载、保存/ 模块选择/ 核心模块/ 布局(窗口如何显示？)/ 鼠标模式(测距、标记ROI、基准)/ 视图/ 旋转十字线可见性/ 扩展管理器

视图面板：与图像交互的面板

模块面板：与功能模块交互的面板

交互数据面板：用于显示当前的坐标信息等内容

二、模块面板

1)Data

查看当前数据

2)Markups

做标记，用于后面3维测距

3)VolumesVolume Information

Display

4)Transforms

5)Models

6)Segmentations

是对“分割”部分性质的改变，改变展示效果，可以在“Segment Editor”再改展示内容

data type，存在disk中，正在使用的形式是用“金星”被标记

7)Segment Editor

要分割什么部位？

三、步骤

添加“分割”，设定每一个分割部位的参数(名字,颜色, 内容描述)

利用阈值法，选不同分割部分的阈值，建模

建模完成后存储为.nrrd文件格式

| 配置

CPU——内存——显卡

参考^Integration of Brain and Skull in Prenatal Mouse Models of Apert and Crouzon Syndromes https://doi.org/10.3389/fnhum.2017.00369