R语言画好看的聚类树

本次例子用到的R包主要有TreeAndLeaf、RedeR、igraph、RColorBrewer,示例数据来自于Rflexclust包的nutrient数据。

加载数据和R包

library(TreeAndLeaf)
library(RedeR)
library(igraph)
library(RColorBrewer)

data(nutrient, package = "flexclust") # 加载数据

对数据进行简单的查看和处理

head(nutrient) # 简单看一下数据

                energy protein fat calcium iron
beef braised       340      20  28       9  2.6
hamburger          245      21  17       9  2.7
beef roast         420      15  39       7  2.0
beef steak         375      19  32       9  2.6
beef canned        180      22  10      17  3.7
chicken broiled    115      20   3       8  1.4

row.names(nutrient) <- tolower(row.names(nutrient)) # 把行名变成小写

聚类分析

hc <- hclust(dist(nutrient))

画图

tal <- treeAndLeaf(hc) # 转化为树和叶的形式，其实是转化为igr