gtz使用文档简单说明sop

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1、关于gtz

1.1、gtz的官方介绍和说明：

https://github.com/genetalks/gtz

GTZ压缩和gzip压缩的比较：

不同物种的wgs数据	gtz压缩率	gzip压缩率
人	5.30%	23%
猪	5.38%	23.50%
水稻	5.07%	21.30%
小麦	7.85%	20.70%

1.2、gtz的安装说明：

https://github.com/genetalks/gtz#system-environment-requirements

2、Windows 下安装和使用说明

1、下载软件

打开网站：https://github.com/Genetalks/gtz/blob/master/README_chs.md#%E5%AE%89%E8%A3%85windows--gtxzip-pro

下载安装包：

image-20201208174231520.png

双击gtz-X.X.X-x64-setup.exe ，开始安装：

image-20201208174710698.png

选择安装目录：

image-20201208174733104.png

选 “是”，完成PATH环境变量配置，就可以在任意路径执行gtz程序：

image-20201208174754651.png

安装完成：

image-20201208174817743.png

安装完成之后，按win快捷键+R 打开cmd命令窗口，查看是否已经安装成功；并通过输入命令gtz --help 确认：

image-20201208175054826.png

出现以下页面说明安装成功：

image-20201208175145198.png

2、在windows中gtz的使用

双击进入待压缩文件的文件夹，cmd 打开命令行窗口，输入压缩命令。

具体步骤和输入的命令如下：

1、双击打开要压缩文件的文件夹，进入该文件夹。
2、在文件夹的地址栏中输入命令：cmd，按Enter键，进入windows的终端。
3、输入命令：dir，按Enter键，显示当前文件夹下面的文件。
4、对文件进行gtz压缩，输入命令(中间记得空格)：gtz 要压缩的文件名。

演示展示：

windows下gtz的使用演示

Ubuntu 下安装和使用

1、Ubuntu 安装gtz

注意：公司服务器默认安装了gtz，如果已经确认安装好了，可以跳过此步骤。

如何确认是否已经安装？

1、在Ubuntu的桌面下，单击右键，选择在终端打开，打开终端。

2、打开的终端如下图。

3、在终端中输入命令：gtz --help，如果出现下图的内容说明已经安装了。

4、如果已经安装好了，可以跳过安装步骤。

Ubuntu 安装gtz步骤：

安装连接：https://github.com/Genetalks/gtz/blob/master/README_chs.md#%E5%AE%89%E8%A3%85linux--gtxzip-pro

具体步骤：

复制下载的安装包链接，在桌面空白的地方鼠标右键打开终端，输入
wget 安装包，粘贴连接地址，按Enter。
下载完成后，复制 sh gtz_latest.run && source ~/.bashrc，粘贴到终端下，如果出现（y/n）的内容，按y 和Enter，直到安装成功，最后输入gtz --help 确认。

具体代码如下(#开头的内容是解释说明)：输入命令后，要记得按回车健哦！！！

#解释说明：下载安装包
wget https://gtz.io/gtz_latest.run

#解释说明：安装
sh gtz_latest.run && source ~/.bashrc

#解释说明：出现(y/n)，输入y，要输2次
y

或者

sh GTX.Zip-4.0.0-Ubuntu.run
#解释说明：出现(y/n)，输入y，要输2次
y
然后重新打开一个新的终端

演示说明：

Ubuntu下面安装gtz

3、ubuntu下面的使用

双击打开要压缩文件所在的路径，进入目录后在空白的地方右键打开终端，输入命令。

具体步骤和代码如下(#开头的内容是解释说明)：输入命令后，要记得按回车健哦！！！

#解释说明：1、双击要压缩文件的路径，进入目录后，在空白的地方右键选择在终端打开，打开终端。

#解释说明：2、显示该路径下的文件,按 ll 命令显示文件,是字母l哦！
ll

#解释说明：3、对文件进行压缩，输入命令(中间要空格)：gtz 要压缩的文件
gtz 要压缩的文件名

#解释说明：4、再次输入命令：ll，查看压缩后的文件
ll

演示如下：

Ubuntu下gtz使用.gif

其他版本的Linux系统操作和Ubuntu类似。

3、gtz简单命令使用说明文档

3.1、不带参数压缩

命令解释说明：

不带参压缩详细的运行过程演示：

3.2、带物种参考基因组压缩，可以提高压缩率

运行命令：
#开头的行是解释说明，没有#的行是命令，输入命令要按回车

## gtz --ref 参考基因组.fa文件 要压缩的fastq.gz文件 -f
gtz --ref /index/hg38/hg38.fa test_gtx_trans.R2.fastq.gz -f

## --ref 参考的基因组fa文件
## -f    覆盖上一步生成的.gtz文件，如果是第一次运行可不加

带参考基因组完整的运行过程：

gtz带参数压缩.gif

3.3、解压

#开头的行是解释说明，没有#的行是命令，输入命令要按回车

#gtz -d 压缩后的文件名.gtz
#如果需要解压的文件是.gz文件，请加上参数-z

 #解压后的文件是未压缩的文件
gtz -d test_gtx_trans.R2.fastq.gz.gtz   

#解压后的文件是.gz压缩文件
gtz -d -z test_gtx_trans.R2.fastq.gz.gtz 

解压的运行过程：

3.4、gtz完整详细的命令使用：

https://github.com/genetalks/gtz#usage-example