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番茄表达谱网站TomExpress

这个网站也是无意中发现的，有一次在做一个预测基因网络调控，想要计算基因之间的相关系数。看文献是用基因共表达数据来计算的，那么只能去找这些基因的表达谱，而且要批量下载。根据文献描述，就发现了这个网站，感觉还不错，就简单介绍一下这个网站。

  • 网站首页

网址：http://tomexpress.toulouse.inra.fr/，打开之后就是下面的样子，还是很简介漂亮的界面。

TomExpress首页

  • 基因输入

界面也很简单，可以直接输入常用的Locus ID，选择株系类型，点击搜索，就可以得到结果界面。


输入页面

这里还有一个高级搜索，里面有很多的选项，可以根据数据需要进行选择。营养器官，生殖器官，处理和不同栽培种。

高级搜索

  • 结果界面

这里有一个csv Export 按钮，可以导出一个数据集，所有有的表达情况都会保存下来。然后你可以根据这些表达数据来进行各种用途包括热图可视化以及相关性计算等工作。


详细结果

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