SFINX: 一个基于Shiny部署的鉴定蛋白互作关系平台

目前研究蛋白质互作方法有很多，传统的方法是将天然蛋白免疫沉淀与质谱检测结合(CoIP-MS)，另外流行的还有亲和纯化/质谱法(AP-MS)，与CO-IP类似，它使用感兴趣的诱饵蛋白(bait proteins)上的表位标签和捕获探针来识别协同的猎物蛋白，不需要为每个新的诱饵蛋白购买或者开发特定抗体，得到的融合蛋白可以用链霉亲和素（strep）磁珠来亲和纯化，用生物素洗脱最终得到蛋白复合物。

优势：

1. AP/MS技术得到的互作蛋白是在细胞内与诱饵蛋白结合的，符合体内真实生理情况，得到的结果可信度高。

2. 不像COIP采用抗体拉取蛋白复合物，可以有效的避免抗体的污染；得到的洗脱液可以直接做溶液酶解和质谱，大大减少了跑胶引起的蛋白损失。

这里介绍一个基于R语言Shiny部署的在线蛋白互作分析平台SFINX, 网络可视化部分利用之前介绍过的networkD3包。

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地址：http://sfinx.ugent.be/

使用

Info部分提供了详细的用户使用说明（主要有5部分）：

1. Data Input（输入框页面介绍）

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2. Example of "Basic data" file (基本的文件输入格式)

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3. Immediately after input of data（筛选过滤后的互作表格）

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4. Data input inadvanced SFINX (高级分析，参数更多)

5. Imediately after input od data in advanced SFINX

具体信息直接去网站上看即可

实战

这里找到课题组老师17年一篇NC上的主图，用的即使这种方式绘制的图形，附件中也提供了数据分析的输入文件，我们用来实操一下。

2017， NC

需要准备两个文件

1. 蛋白组结果文件 Basic data(各样本肽段数) ：

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2. Bait indentities（诱饵蛋白列表）：

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点击Analysis界面，分别上传两个数据，右侧Filtered interactions 界面即可显示出诱饵蛋白与捕获蛋白直接的作用系数以及Pvalue

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Distribution显示SFINX score的分布

SFINX score distribution

点击Network即可看到蛋白互作网络，深蓝色填充的节点即为我们的诱饵蛋白。

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其实SFINX除了处理AP/MS这类数据之外，该方法理论上也适用于一些普通蛋白质组数据中，若已经有一些关键蛋白想找寻其它互作蛋白时，除了利用常规的String数据库根据先验信息获取外，此方法也是一种不错的选择~

参考文献

1. SFINX: straightforward filtering index for affinity purification-mass spectrometry data analysis. J Proteome Res (2015) Titeca, K. et al.

2. A conserved ankyrin repeat-containing protein regulates conoid stability, motility and cell invasion in Toxoplasma gondii Nature Communications （2017） Long.et al.