TCGA肿瘤突变负荷分析

TCGA snp数据分析总结

1 下载突变数据

现在case中选择肿瘤类型

然后再files中选择突变数据，选择最后一个公司的数据进行下载

下载cart文件，然后解压得到maf.gz文件，用于后续计算TMB

2 计算TMB

TMB的等级划分

TMB levels are divided into three groups on FoundationOne CDx reports, including low TMB (1–5 muts/mb), intermediate TMB (6–19 muts/mb), and high TMB (≥ 20 muts/mb).

maftools需要安装到最新版本才有tmb函数

library(maftools)
laml <- read.maf(maf = "BLCA.maf.gz")
x<-tmb(maf = laml)
#x第三列就是TMB值了,第四列是取log后的TMB值
head(x)

#横坐标没写，就是TMB排序后的样本，纵坐标是log后的TMB值，也就是x表格里的第四列。
#默认取log，是为了画图直观。如果你不想取log，logScale = F
tmb(maf = laml,logScale = F)
write.table(x,file="BLCA.txt",quote=F,sep = "\t",row.names = F)

x