零基础多物种间共线性分析

首先非常感谢Cj大神开发出来的TBtools生信工具，为生信分析做图带来了极大的便利。作为生信小白，在做多物种间共线性分析时，尝试了多种方法，苦于没有计算机基础，一直没能完成，最后锁定TBtools的零命令行作图，几经摸索，终于成功，贼开心。

话不多说先上效果图

一、准备工作

1.下载各个物种的.gff文件和基因组序列文件

示例

数据下载地址：[http://plants.ensembl.org/info/website/ftp/index.html]

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2：右击，复制链接，用迅雷下载比较快

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2.工具TBtools：欢迎加入开发作者的QQ交流学习群（553679029），先看群公告哈。

二、将文件进行ID prefix，统一染色体名称。

没统一的草图，染色体前缀由系统命名

打开TBtools

1gff文件进行ID prefix

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3.fa文件进行ID prefix

4:注意两次输入的字符必须一样。例图中是：AT-

按步骤操作完成后，每个物种得到新的.gff文件和.fa文件，用于后续的共线性分析。

三、确定物种间的亲缘远近关系

目的：给各个物种安排的排序位置，例如我做的5个物种拟南芥、大豆、水稻、小麦和玉米，其中水稻、小麦和玉米属于禾本科植物，这三个物种之间的共线性关系自然是比较好的，但是具体的怎末连线还是不清楚，当然可以通过文献查找来确定，这里为了保险起见，我决定将所有物种两两组合，看共线性关系，先做两物种间共线性，再来排列。

两个物种间的共线性，请参考：https://www.jianshu.com/p/6c5a5a2d8fa7

注意：
1：OnestepMCscanX的比对时间因物种而已，比如小麦这种超大基因组的物种，我用小笔记本跑了两天，start后就静静等待了，建议最好多用几台电脑。
2：两物间共线性分析时，用ID prefix后的文件，只是链接里我用的原始文件。

按照高亮基因共线性条目多少进行排序（水稻做了籼稻和粳稻的可以忽视，5个物种也就10种组合）

结果：确定这几个物种的前后顺序为拟南芥、大豆、水稻、小麦、玉米，得到两两之间的比对结果文件。

四、比对文件合并与修改

多物种共线性需要用到的文件

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3：所需文件合并结果

4：查看合并文件，将文件拖入即可

5：将碎片删除，将染色体保留并排序

6：表示图片颜色的数字可以删除

7：整理自己的Highlight基因ID，依旧是全英状态下输入

8：可视化啦

9：最终图片

10：我将颜色数字代码去除的亚子

完结撒花，最费时间的还是两物种间比对找远近关系，只要按照步骤来，很快就可以做出来的，加油！