用MEGA构建NJ树（Neighbor-Joining）

MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）— 分子演化遗传分析

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NJ法构建的树相对准确，假设少，计算速度快 ，只得一颗树。适用于进化距离不大，信息位点少的短序列。缺点是序列上的所有位点等同对待，且所分析的序列的进化距离不能太大。

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Point:
▲自展值bootstrap是个百分比值，一般认为自展值＞70%非常可靠，50%-70%认为基本可靠，< 50%认为不可靠
▲标尺----单位核苷酸的替换率，NJ树中是表示遗传距离；
▲枝长越长序列差别越大
▲选择muscle或者clustalw进行比对：clustalw 一般用于DNA ，muscle多用于蛋白。

构建基因树的一般步骤.png

一. 建树前的准备

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• 从NCBI数据库上批量下载序列用于MEGA画进化树
• 将所有目标基因序列或氨基酸序列保存在txt文本文件中（序列格式为FASTA）
• Multiple Sequence Alignment是构建分子演化树的关键步骤
• 用于构建演化树的序列必须是同源序列

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MEGA7主界面

二. 开始建树

⑴ 序列文件的导入

Align → Edit/Build Alignment → create a new alignment →Data→open →Retrieve sequences from File

Sequence

⑵ 多序列比对MSA

• 在比对之前需先选中要进行比对的序列（Shift）
• 选择muscle或者clustalw进行比对：
  clustalw 一般用于DNA ，muscle多用于蛋白

Alignment.png

⑶ 构建进化树——数据导入

• 将刚刚另存的meg文件重新导入到mega程序中（直接拖入工作界面），并选择构建NJ树。

  
  
  IMAGE.png

• 参数设置：Bootstrap method一般选择1000~1500

  
  
  Parameter.png

⑷ 进化树的简单美化

❶ View→Tree/Branch style选择树的模式
❷ View→Fonts→Taxon Name
❸ View→Options→

IMAGE.jpg

IMAGE.png

Note: 将设置好主要参数的树复制到粘贴板

Image→ Copy to Clipboard 粘贴到WORD

IMAGE.png

• Newick——标准树文件，用于下游可视化软件的导入（File）
• png——压缩图像文件
• pdf——矢量图像文件

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