生信随手记2020-03-18：shell脚本展示fastp修剪结果

zcat SRR1039510_1.fastq.gz | head -100000 |paste - - - - > raw.txt
zcat SRR1039510_1.fastp.fq.gz |head -100000 | paste - - - - > filter.txt
awk '(length($3)<63){print$1}' filter.txt > ID
grep -w -f ID filter.txt | awk '{print$1,$3}' > filter.sm
grep -w -f ID raw.txt | awk '{print$1,$3}' > raw.sm
paste raw.sm filter.sm | awk '{print$2,$4}' | less -S

reads修剪示例

1. 从修剪前后的fastq文件中各取100000行，将fastq格式文件每个序列的4行合并为1行，分别保存为raw.txt和filter.txt
2. 从修剪后的filter.txt里选取被修剪过的reads（所有raw reads长度均为63，序列长度<63即为被修剪过的reads），把序列号存入文件ID。
3. 分别从raw.txt和filter.txt中过滤被修剪过的reads，存入raw.sm和filter.sm
4. 合并raw.sm和filter.sm，只展示序列详细信息。

结果直观的展示了reads被修剪的情况，配合前后FastQC的结果，比较直观的理解质控软件对reads的修剪，但是不能区分被删减的原因（低质量or接头）