2.通过WGNCA发现缺血性卒中相关LncRNA及其靶基因和相关信号通路

题目：通过WGNCA发现缺血性卒中相关LncRNA及其靶基因和相关信号通路

LncRNAs related key pathways and genes in ischemic stroke by weighted gene co-expression network analysis (WGCNA).

DOI：10.1016/j.ygeno.2020.01.001

数据来源：临床外周血样本：3对照，3IS，RNA-seq测序取lncRNA; GSE22255: 20对照，20IS （进行验证，但是数据中lncRNA很少，失败了）

分析方法：WGCNA，KEGG富集分析（OmicShare），PPI网络（STRING）

结果：

1.构建聚类树（R^2设为0.9，β值取12）

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2. Eigengene adjacency热图

   
   
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3. 模块与性状热图（挑选greenyellow模块，因为与stroke中风相关性为0.92，并取模块中MM和GS前10的lncRNA进行下一步研究）

   
   
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4. KEGG富集分析（对10个lncRNA的565个靶基因进行富集分析，在OmicShare中进行）

   
   
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5. PPI网络（对10个lncRNA的565个靶基因构建蛋白互作网络确定hub gene)

   
   
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6. 研究流程

   
   
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