思路清奇SCI：24.CTR-DB+免疫

在刷Researcher时看到一篇挺有意思的文章，拿来借鉴学习下。

这是神刊Frontiers in Immunology（2022.08.15）新出的一篇。

文章大致可分为3个部分：
基因来源+基因周边+基因泛癌分析

文章解读：

1.基因来源
作者收集CTR-DB数据库中PD-1/PDL1反应治疗反应性的差异基因，最终取交集后找到CD69和SBK1两个基因。

Fig.1

2.基因周边
既然这两个基因这么牛，怎么证明它牛呢？进行基因的周边分析①准确反应免疫治疗的反应性；②在Response和Non-response组差异表达；③与PD1/PDL1表达相关性分析。

Fig2+Fig3A-C

3.基因泛癌分析
既然CD69和SBK1能够反应肺癌和黑色素瘤的免疫治疗反应，那么在其他肿瘤的结局又是怎么样呢？
——TCGA是现成的肿瘤分析数据库，拿来直接用吧。

3.1 基因表达
作者分析了CD69和SBK1在TCGA泛癌中的表达，并分析其PPI互作网络。

Fig.3D-H

3.2 基因预后
表达已分析，是不是跟预后有关？
——作者将CD69和SBK1进行泛癌生存分析。

Fig.4

3.3 基因免疫分析
既然是CD69和SBK1与免疫治疗反应有关，那么就来分析下免疫相关的内容吧。

Fig.5 免疫检查点+EstimateScore

Fig.6 免疫细胞浸润+IPS评分

Fig.7 IPS评分

• 结论：CD69和SBK1表达水平可以有效预测癌症对 PD-1/PD-L1 阻断免疫治疗的反应。

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彩蛋：
CTR-DB（http://ctrdb.cloudna.cn/home）是个宝藏网站，同时收集了28种肿瘤，123种药物的药物耐药数据。

CTR-DB

下面就来简单的复现下文章的Fig1.

Fig1A,C

参考链接：
CD69 and SBK1 as potential predictors of responses to PD-1/PD-L1 blockade cancer immunotherapy in lung cancer and melanoma