在生物信息学中常常会用到R语言来绘制图形以实现数据可视化，本文主要通过plot( )高级绘图函数来介绍R语言绘图的基础知识。
plot( )函数是R中为对象作图的一个泛型函数，其使用方法为plot（x，y , type=“b”)，其含义为将X置于横轴，将y置于纵轴，绘制点集（x, y), 然后将其连接。type=”b"表示绘制点和线。
par( )函数可用于修改图形参数，其调用格式为par(optionname=value , optionname, ...)。下面通过举例来具体介绍相关内容。
现有A、B两种药物，通过plot( )函数绘制病人对这两种药物的五个不同剂量水平上的响应情况。
代码如下：
dose <- c(10,20,30,35,60)
drugA <- c(18,27,33,40,60)
drugB <- c(16,25,31,38,45)
#以上3行代码分别表示创建3个名为dose，drugA，drugB的数值型向量
opar <-par(no.readonly=TRUE)
#no.readonly=TRUE表示生成一个可以修改的当前图形参数列表
par(pin=c(6,6),mai=c(1.8,1.8, 1.8,1))#"下左上右"
#表示生成一副6英寸宽,6英寸高，上下边界为1.8英寸，左边界为1.8英寸，右边界为1英寸的图形
par(lwd=2,cex=1.5)
#lwd=指定线条宽度，默认为1，lwd=2表示生成一条宽度为默认线条2倍的线条,cex=表示pch=符号的大小，默认大小为1
par(cex.axis=.75,font.axis=3)
#cex.axis=表示坐标轴刻度文字的缩放倍数，font.axis=表示刻度文字的字体样式
plot(dose,drugA,type="b",pch=19,lty=2,col="red")#pch=表示指定绘制点时使用的符号，默认符号为1（空心圆），lty=表示指定线条类型，默认为线条类型1（实线），col=指定颜色
plot(dose,drugB,type="
b",pch=23,lty=6,col="blue",bg="green")
#col=表示绘图颜色，bg=表示空心图形符号的填充色。
par(opar)
#还原初始图形参数设置
运行代码生成图像：
▆ 点符号, R中常用的不同点符号如下图所示：
注意：参数bg =只能填充21~25之间的符号，这5个符号为实心，故可填充背景色。
▆ 颜色参数
col 默认绘图颜色
col.axis 坐标轴刻度文字颜色
col.lab 坐标轴标签颜色
col.main 标题颜色
col.sub 副标题颜色
fg 图形前景色
bg 图形前景/填充色
▆ 文本大小参数
cex pch=符号的大小
cex.axis 坐标轴刻度文字缩放倍数
cex.lab 坐标轴标签缩放倍数
cex.main 标题缩放倍数
cex.sub 副标题的缩放倍数
▆ 字体族、字号及字样参数
font 绘图使用的字体样式（整数），1=常规，2=粗体，3=斜体，4=粗斜体，5=符号字体
font.axis 坐标轴刻度文字字体样式
font.lab 坐标轴标签字体样式
font.main 标题字体样式
font.sub 副标题字体样式
ps 字体磅值
family 绘制文本使用的字体族。标准取值为serif(衬线）、sans(无衬线）及mono(等宽）