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TCGA数据下载及处理

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红框中为需要下载的文件。
我选择了使用linux client和gdc_manifest.txt下载的方式。client可以从这里下载https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool到服务器上。

文件处理

从metadata.cart.2022-09-22.json文件可以得知文件与id的对应关系，从而得到entity_submitter_id，之后取前三节（-分割）。


metadata.cart.json

与clinical.cases_selection.2022-09-22/clinical.tsv文件中的case_submitter_id对应，可以提取临床信息，常见的比如age, stage等。


clinical.tsv

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