Pymol使用

以泛素为例

查找结构

fetch 1UBQ    #Ub的PDB号

show sticks,resn lys   #展示所有的Lys残基
select Met1,resi 1   #显示第1个氨基酸，并命名为Met1
select Gly76,resi 76   #显示第76个氨基酸，并命名为Gly76
select K6,resi 6
select K11,resi 11
select K27,resi 27
select K29,resi 29
select K33,resi 33
select K48,resi 48
select K63,resi 63
set stick_radius,0.20  #对棍直径设置
set sphere_scale,0.3   #对球直径设置

显示某一段氨基酸序列

select KH, resi 1720-1790   #选择1720-1790之间的氨基酸残基并将其命名为KH

图像操作

按住win+挪动鼠标：以某一点为中心进行旋转
按住Alt+挪动鼠标：位置的平移
按住ctrl+挪动鼠标：放大或者缩小