三维基因组(Hi-C)的原理以及应用

Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏基因组组装等,并可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。
以下来自菲沙基因讲解视频的整理。原视频https://www.bilibili.com/video/BV1f7411n7zU?p=23

Hi-C与其他三维基因组技术特点

HiC技术实验原理

将三维基因组甲醛交联固定,用内切酶进行酶切,酶切完在末端加生物素进行末端修复,然后进行连接,连接后对去除蛋白并打断成小片段,用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。


Hi-C分析流程

(a)首先是质控,过滤后高质量的FASTQ数据(PE,150bp),如果比对软件不支持split mapping的话,一般选用迭代比对,因为连接处由于是基因组外的碱基,可能比对不上。从序列左端25bp开始比对,如果有唯一比对,则停止,如果多个比对位置,则再继续延伸5bp,直到出现唯一比对。或者可以可以选择支持split mapping的软件进行比对,可以通过分段比对处理。
(b)选择高质量的比对数据
(c)HiC特异的比对标准
(d)对Vaild pairs进行矫正。矫正完可以得到互作矩阵。


Ferhat Ay et al;2015
Bryan R. Lajoie et al;2014

常用的分析软件

Software tools for Hi-C data analysis

Tool Short-read Mapping Read Read-pair Normalization Visualization Confidence Implementation
aligner(s) improvement filtering filtering estimation language(s)
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HiCUP [46] Bowtie/Bowtie2 Pre-truncation Perl, R
Hiclib [47] Bowtie2 Iterative a Matrix balancing Python
HiC-inspector [131] Bowtie Perl, R
HIPPIE [132] STAR b Python, Perl, R
HiC-Box [133] Bowtie2 Matrix balancing Python
HiCdat [122] Subread c Three options d C++, R
HiC-Pro [134] Bowtie2 Trimming Matrix balancing Python, R
TADbit [120] GEM Iterative Matrix balancing Python
HOMER [62] Two options e Perl, R, Java
Hicpipe [54] Explicit-factor Perl, R, C++
HiBrowse [69] Web-based
Hi-Corrector [57] Matrix balancing ANSI C
GOTHiC [135] R
HiTC [121] Two options f R
chromoR [59] Variance stabilization R
HiFive [136] Three options g Python
Fit-Hi-C [20] Python

Hi-C可视化

image.png

数据分析

序列过滤
过滤原理
数据矫正

为什么要做数据矫正?


Eitan Yaffe & Amos Tanay;2011
数据矫正效果
可做的分析

1.cis/trans互作比例


2.互作频率与距离有关



3.compartment分析



4.TAD分析

5.显著互作分析
image.png

Hi-C的应用

1.解析全基因组互作模式



2.辅助提升基因组组装

3.构建基因组单体型图谱


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参考:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4556012/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Bryan+R.+Lajoie+%3B+2014
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Eitan+Yaffe%3B2011
http://yulijia.net/cn/%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF/2016/04/15/3C-4C-5C-HiC-ChIAPET-and-ChIPloop.html
https://www.bilibili.com/video/BV1f7411n7zU?p=23
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4347522/
https://www.nature.com/articles/ng.947.pdf

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