安装ribotree-利用蒙特卡洛搜索树的RNA设计工具

1 安装依赖

1.1 安装arnie

arnie用于管理各种RNA热动力学折叠的软件，下载连接：https://github.com/DasLab/arnie
（1）将文件夹名字arnie-marster改为arnie，~/.bashrc中添加以下行：

export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/opt/ribotree_1.1.7/arnie

（2）修改arnie/example_arnie_file.txt，需要对vienna_2，contrafold_2，eternafold，linearfold，linearpartition进行定义，下图先给出完整的配置，未安装的设置为None。

注意这里添加vienna,不然后续运行examples选择< -package vinenna >会出错。

（3）同时需要对这个文件的作为环境变量写入~/.bashrc中：
export ARNIEFILE=“opt/ribotree_1.1.7/arnie/example_arnie_file.txt”

1.2 安装DegScore

下载链接：https://github.com/eternagame/DegScore
将文件夹重命名为DegScore，~/.bashrc中添加以下行：

export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/opt/ribotree_dependencies/DegScore

1.3 安装RiboGraphViz

RiboGraphViz主要是对RNA结构进行可视化，下载链接：https://github.com/DasLab/RiboGraphViz

pip install -r requirements.txt
python setup.py install

#在jupyter notebook中如果要看到可视化的话可以安装pygraphviz包
conda install —channel conda-forge pygraphviz

1.4 安装biopython

pip install bio -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

1.5 安装Eternafold

https://eternagame.org/software

cd EternaFold-master/src
make

需要把对应目录添加到arnie/example_arnie_file.txt中，如下：

eternafold: /opt/ribotree_dependencies/EternaFold-master/src/

1.6 安装linearfold和linearpartition

git clone https://github.com/LinearFold/LinearFold.git
cd LinearFold
make
git reset --hard 260c6bbb9bf8cc84b807fa7633b9cb731e639884
cd ..
git clone https://github.com/LinearFold/LinearPartition.git
cd LinearPartition
make
git reset --hard 694b70a4d842af543d3f135af212fcb14a668bfd

需要把对应目录添加到arnie/example_arnie_file.txt中，如下：

# LinearFold build
linearfold: /opt/ribotree_dependencies/LinearFold/bin

# LinearPartition build
linearpartition: /opt/ribotree_dependencies/LinearPartition/bin

为eternafold和linearfold&linearpartition建立连接(注意修改EternaFold路径)

cd LinearFold
git apply --whitespace=fix /opt/ribotree_dependencies/EternaFold-master/LinearFold-E.patch
make
cd ..
cd LinearPartition
git apply --whitespace=fix /opt/ribotree_dependencies/EternaFold-master/LinearPartition-E.patch
make
cd ..

2 测试依赖

python test_dependencies.py

（1）注释关于contrafold的test，原因是：这个软件太老了，make都不行，连网页版都运行不了，这个软件也不会去用它。

（2）测试结果如下图所示：

3 运行ribotree

（1）如下图所示，选择对应的ribotree的代码进行下载，本文这里选择的是1.1.7的版本。https://eternagame.org/software
（2）安装scipy：pip install scipy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
（3）运行：python ribotree.py --file input/example.txt
输出2个文件：
example.2023xxxx-xxxxxx-xxxxx.RUNNING_BEST.txt
包含每X次迭代收集一次最佳序列的序列，由“步长”参数确定，计算所有度量。

example.2023xxxx-xxxx-xxxxx.FULL.txt
包含蒙特卡洛运行中接受的所有序列以及损失函数值。

可以修改input/example.txt中的**-package**，支持vinenna和eternafold

4 附录

依赖目录：

---opt
    ---ribotree_1.1.7
        ---arnie
            ---example_arnie_file.txt
            ---...
        ---input
        ---ribotree.py
        ---test_dependencies.py
        ---...
    ---ribotree_dependencies
        ---DegScore
        ---EternaFold-master
        ---LinearFold
        ---LinearPartition
        ---RiboGraphViz-master
        ---ViennaRNA-2.4.10

参考链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/514096955