cufflinks使用（2018-05-28）

使用Cufflinks里面的工具gffread

执行命令： gffread **.gff -T -o **.gtf   

                    gffread merged.gtf -o- > merged.gff3

cufflinks详细用法参考：陈连福的生信博客

问题挺好：

junction：剪接接头

博主师兄您好， 我刚开始学习RNA-seq数据分析，楼主的文章给我收获很多，谢谢。 有几个问题想请教。

我根据12年Nature Protocol 的文章，用Tophat和cufflinks处理数据。

1. 我的数据是细菌，基因组是刚测序完的草图。自己根据网上的格式介绍尝试做了一个.gtf 的文件，做Tophat时，发现警告“Warning: TopHat did not find any junctions in GTF file”。不知是.gtf 弄错了，还是细菌本来就没有junction.

我的gtf是这样的：

scaffold1majorCDS933254.–0gene_id “orf00001”; transcript_id “transcript_orf00001”;

scaffold1majorexon933254.–0gene_id “orf00001”; transcript_id “transcript_orf00001”;

scaffold1majorCDS933254.–0gene_id “orf00001”; transcript_id “transcript_orf00001”;

scaffold1majorstart_codon9395.–0gene_id “orf00001”; transcript_id “transcript_orf00001”;

scaffold1majorstop_codon32523254.–0gene_id “orf00001”; transcript_id “transcript_orf00001”;

2. Cufflinks的结果里只有FPKM，如果想要RPKM用什么软件做呢？还是cufflinks能算RPKM 只是我没找到。我看了manual，找不到北。

3. 我每个条件只有一组RNAseq， 没做生物重复。cuffdiff 能做出结果，但是这样的结果能用吗? 有没有其他软件能做？ （你文中说“结果中没有差异表达基因”）

回复

1.细菌本来就没有junction。junction是对于真核生物含有内含子的基因来说的。

2.Cufflinks应该是不能用于计算RPKM的，现在公认的是FPKM，RPKM算是过时的。

3.没有生物重复，则需要使用cufflinks 2.0版本的。高版本貌似必须有重复。