STAR比对

建立索引

STAR --runThreadN 6 --runMode  genomeGenerate \
--genomeDir  ~/rnaseq/mouse_STAR_index \     
--genomeFastaFiles  ~/rnaseq/mouse_ref/mm10.fa \
--sjdbGTFfile ~/rnaseq/mouse_ref/gencode.vM25.annotation.gtf \
--sjdbOverhang 149

--genomeDir：索引目录。（index_dir一定要是存在的文件夹，需提前建好）
--genomeFastaFiles：基因组文件
--sjdbGTFfile：基因组注释文件
--sjdbOverhang：reads长度减1
获得新的数据要检查一下长度，决定是否要改变--sjdbOverhang 的参数

比对

STAR --runThreadN 5   --genomeDir ~/rnaseq/mouse_STAR_index \
--readFilesCommand zcat \
--readFilesIn ~/data_new/Old72_R1.fq.gz  ~/data_new/Old72_R2.fq.gz \  
--outFileNamePrefix ~/rnaseq/STAR_OUT/O72_STAR_out/O72_ \ 
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \  
--outBAMsortingThreadN 5 \
--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts   

--readFilesCommand zcat 解压原始文件
--readFilesIn 原始文件的路径及原始文件
-- genomeDir index的文件路径
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate 不输出Sam文件而是输出bam文件，排序
--quantMode 把基于基因组比对的信息转换为基于转录组比对的信息

bah文件

vim map.sh #创建一个bash文件并进入编辑
---------------------------------------------------------------------------------------
#!/bin/bash 
 for i in {43..49}
    do  STAR --runThreadN 5 --genomeDir ~/rnaseq/mouse_STAR_index --readFilesCommand zcat --readFilesIn ~/data_new/Young${i}_R1.fq.gz ~/data_new/Young${i}_R2.fq.gz --outFileNamePrefix ~/rnaseq/STAR_OUT/Y${i}_STAR_out/Y${i}_  --outSAMtype BAM SortedByCoordinate  --outBAMsortingThreadN 5   --quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts
done
-------------------------------------------------------------------------
 # 按Esc键，：，wq 退出编辑器
chmod +x map.sh   #为bash文件赋予可执行权限
 ls       #如果”map.sh“显示为绿色，则表明获得执行权限

---

htseq计数
deseq2差异分析
测序中用到的函数以及一些参数解析