1934年，一家日本的出版商联系鲁迅先生，想出一套他的文集。在出版商与鲁迅先生商量入选哪篇文章时，先生坚持《藤野先生》这篇文章必须入选，以期能在日本找到他的老师藤野先生。
但事与愿违，藤野先生看到这篇文章后，并没有公开自己的身份，而是依然过着平淡的生活。
1904年7月，藤野先生（藤野严九郎）升任仙台医专教授，两个月后，鲁迅到此读书。
藤野先生对鲁迅很关注，对其生活颇有照顾，对其评价也很高。当时的我们，内忧外患，屡遭各国人的歧视。鲁迅在异国他乡，在藤野先生的教导中，得到难得的安慰。
后来，鲁迅弃医从文，不过他不想让藤野先生失望，只和藤野先生说，自己是要去学生物的，先生教授的课程极为有用。
但刚回国的鲁迅，四处碰壁。而他的老师藤野先生，过得也十分艰难。
藤野先生所在的仙台医专并入了东北帝国大学，然后又独立为东北帝国大学医科大学。
藤野先生因为学历不符合东北帝国大学医科大学的要求，先是被迫降为讲师，然后很快连工作都丢了。
落魄的藤野先生只能回到老家，投奔自己的哥哥藤野明二郎。藤野明二郎在老家开了一间诊所，藤野先生便在这里行医。
但怎知第二年，藤野明二郎猝死，藤野先生的担子更重了，他要同时照顾他和哥哥两家人。
此时的鲁迅，生活有所转机，以笔为矛，写出了一番天地，终成闻名中日两国的大文豪。
时间来到1935年，也就是开头所述日本出版鲁迅文集的第二年，此时藤野先生的儿子小藤野正在读高中。
一天，小藤野的高中老师拿出《鲁迅文集》，让小藤野回家问一下父亲，鲁迅笔下的藤野严九郎是不是他的父亲。
回到家后，当61岁的藤野先生，读到了这位已经名满日中的大文豪，对他三十年前的描述，仿佛就发生在昨日。
藤野先生又拿出放大镜，仔仔细细看封面上鲁迅的照片，不禁感慨万分：“真的是周君啊！”
藤野先生沉默良久，对儿子说道：“写的是我，但请不要对他人讲起。”
不过，小藤野回到学校，被老师问起后，还是说了实话。老师拜访了藤野先生，二人长谈甚久，不知当年聊得是什么，但老师帮藤野先生保守了秘密，隐瞒了自己的身份。
令人遗憾的是，1936年10月，在日本出版鲁迅文集的两年后，鲁迅先生与世长辞，后半生的愿望也没能实现。直到生命的最后时光，鲁迅的床头依然摆放着藤野先生的照片。
正如在《藤野先生》一文中所写：
“只有他的照相至今还挂在我北京寓居的东墙上，书桌对面。每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光中瞥见他黑瘦的面貌，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现，而且增加勇气了……”（《藤野先生》）
鲁迅的逝世，在日本也引起了轰动，各路友人纷纷帮鲁迅完成遗愿，在日本寻找藤野先生。
当年年底，鲁迅的日本同学小林茂雄，就找到了藤野先生。此时的藤野先生才知道鲁迅先生一直在找他。
藤野先生追悔莫及，早知如此，就公开自己的身份，与鲁迅相认了。于是，藤野先生在百感交集之下，写下了那篇著名的《谨忆周树人君》。
那么，为什么当年藤野先生要隐瞒自己的身份呢？
后来藤野先生透露，教出来的学生已经是大文豪，而自己却如此潦倒，实在给学生丢脸。所以，藤野先生默默地隐居在小山村之中，并不想让鲁迅知道自己的窘迫。
因此，尽管藤野先生的名号在日本家喻户晓，却无人知道此君却艰辛地生活在偏僻的小山村中。
1945年8月，藤野先生在日本投降的几天前，也与世长辞，享年72岁。
1983年，鲁迅先生的故乡绍兴市，和藤野先生的故乡芦原町，结为友好城市，算是为二人的遗憾添上些许宽慰。