前言

生物信息学与基因组分析入门

TO-DO

生物信息学结合生物学、计算机科学和统计学等学科的方法，以实现对海量生物医学数据的分析与解读，从而揭示生命的奥秘。随着基因组测序技术的快速发展，以及大数据处理和人工智能技术的广泛应用，生物信息技术在遗传病预防、病原体检测(pathogen detection)、肿瘤诊断(cancer diagnostics)及药物开发等方面都有重要的应用。目前生物信息技术已经逐渐走进人们的生活，如个性化医疗服务等。

• 生物信息学(bioinformatics) = 生物学(biology) + 计算机科学(computer science) + 统计学(statistics)

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本站是教材[3]的配套电子书，提供纸质教材的扩展内容或更新。该教材是在本人近几年给生物、食品工程专业学生讲授生物信息学课程的基础上整理编撰而成，全书共有18章，可分为三部分：

• 第1、2与18章分别对应生物学、计算机科学与统计学的基础知识；
• 第3-12章为生物信息学的基本理论与方法，介绍DNA、RNA或蛋白质序列分析；
• 第13-17章介绍下一代测序(NGS)数据分析方法及其应用，如genome assembly, SNP detection, RNAseq, metagenomics。

每章内容适用于一次教学课时(1.5h)，可根据不同教学课时(如15/16周)选讲部分章节内容，其它内容供学生自学。另外，生物信息学是一门实践性很强的课程，因此一般课堂讲授11-12个课时，上机实践练习3-4个课时。本教材的推荐教学安排如下图所示：

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If you have questions, or find something can be improved, please send me an email([email protected]). Thanks!

配套资源:

• 电子书网站：http://blog.ligene.cn/bigbook
• 百度网盘链接：https://pan.baidu.com/s/1eMiHyb7mW4Nrbsfpw9JtdA (提取码: txh5)。

参考书：

1. Dan Krane & Michael Raymer(孙啸等译), Fundamental Concepts of Bioinformatics (生物信息学概论), 2004, 清华大学出版社.
2. Jamil Momand & Alison McCurdy, Concepts in Bioinformatics and Genomics, 2016, Oxford University Press.
3. 李余动编著，生物信息学与基因组分析入门，2021，浙江大学出版社.