转录组分析(1) - 基础介绍

转录组(transcriptome)，广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术之一。常见设计是不同样品之间比较，寻找差异基因、标志基因、协同变化基因、差异剪接和新转录本，并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。

转录组研究.png

转录组测序分析可以分为有参转录组分析和无参转录组分析。根据是否需要分析新的转录本以及是否有参考基因组，转录组测序分析大概可以分为：(a).有参考基因组，需要分析新的转录本、(b).有参考基因组，仅分析已有转录本、(c).没有参考基因组。他们各自的测序数据分析流程如下图所示：

转录组测序流程.png

作为成熟的测序数据分析流程，转录组测序数据分析具有多种多样成熟的软件搭配，经典的软件搭配如下图所示：

RNA_主流流程.png

具体分析过程在后续的文章中将陆续会有记录。Subread-