【Linux blast比对】fastq转fasta比对到参考序列

FASTQ转换为FASTA

nohup less -S ../sample-1_L3_2.fq.gz |awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' > ./sample-1_L3_2.fasta &

比对

$vi run_blast1.sh 

blastn \
 -query sample-1_L3_2.fasta \
 -db artificial.blastdb \
 -out sample_results2.xls \
 -outfmt 6 \
 -num_threads 8 

$nohup sh run_blast1.sh &

参考资料：

• linux BLAST序列比对 （nt/nr库）
• makeblastdb及blastn的使用
• blast及其格式输出简介
• linux服务器上的blast比对（my version：ncbi-blast-2.8.1+）