Fig2-d 泡泡图的绘制2020-12-14

3.6 气泡图Bubble plot的绘制
气泡图用于多维数据的展示，即：
1）不同动物
2）不同物种
3）物种数量（泡泡大小）
4）物种丰度（泡泡颜色的深浅）

首先需要的数据与格式：

image.png

读取数据

bubble<-read.csv(file.choose())#选择对应的CSV文件
bubble#展示读取的数据

开始绘制：

#导入画图包
library(ggplot2)

p = ggplot(bubble,aes(Animals,Species))
p=p + geom_point()  

# 修稿点的大小
p=p + geom_point(aes(size=Number))

# 展示四维数据
pbubble = p+ geom_point(aes(size=Number,color=Relative.Abundance))

# 设置渐变色
pr = pbubble+scale_color_gradient(low="green",high = "red")
#删除轴名称，调整字体倾斜度
bbp<-pr + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 0.4, size = 10, vjust=0.5,face="bold" ))+theme(axis.text.y = element_text(face = "bold.italic"))+theme(legend.position = "bottom") +theme(axis.title = element_blank())
#查看结果
bbp

## 保存图片
ggsave("C:/Users/Mr.R/Documents/ReproduceImages/Reproduction1 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain/bubble.pdf")# 保存为pdf格式

ggsave("C:/Users/Mr.R/Documents/ReproduceImages/Reproduction1 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain/bubble.png",width=8,height=6)# 设定画布大小

这样就得到了目标泡泡图：

image.png

若需修改文字标签，可继续借用Adobe Photoshop CS4，进行修改。