学生信的那些事儿之十一 - RNAseq 分析流程之Conda安装和软件下载

理论上讲，前面非常基础的Linux知识学到位之后是可以“开始”尝试实战一下RNAseq分析的上游部分的。

不过呢，如果把组学的分析想象成是做一幅画的话，Linux基础知识仅仅是提供了一张画纸，想要勾勒出栩栩如生的图案，还需要有各种各样的画笔，也就是组学分析时要用到的各种各样的软件工具。生信分析常用软件的下载和使用已经有很经典的教程：生物信息学常见1000个软件的安装代码，不过需要一个一个的下载安装。

那么有没有一个像是App Store一样的东西存在呢，那样就不需要一个一个的去下载安装包然后安装了。当然有，就是传说中的conda。关于conda，刚接触的时候甚至都搞不清楚到时是什么，现在的理解其实就跟App Store性质一样，里面存放了许许多多IT领域（不仅仅是生信分析）会用到的各种软件，相当于有个人把所有的你会用的东西提前整理到了一起。

话不多说，怎么安装conda和使用conda下载常用的生信分析软件呢？代码如下：

# 下载conda安装包。直接在百度搜关键字"conda 清华"就行，具体的进入网站一看就明白(需要注意的是选择自身系统对应的版本)
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# 下载完成后会看到一个 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 文件，然后激活
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc # 这一步很重要，.basrc是自己家目录下的一个隐藏配置文件，Linux系统启动后会自动启动里面的配置。

# 上面是把conda下载并安装了，然后是配置镜像(关于什么是镜像还是自行搜索吧)，此处还是用清华的镜像，虽说前一阵儿传言马上要不能用了，不过目前还是没问题的
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show channels
# 把这一堆命令复制到命令行然后运行就行，而且你都可以不用完全明白这些命令具体是什么意思，到此conda安装和镜像配置就算是搞定了。

# conda常用的命令参数可以 conda --help 一下，清楚明了。一般我们会创建一个环境来开展具体的分析，比如RNAseq我们可以创建一个名为rna的环境，外显子分析可以创建一个名为WES的环境，然后在相应的环境下面安装对应的常用软件。
conda create -n rna python=2
conda activate rna # 进入创建的环境，进入之后在标头的最前面会出现rna字样
conda install samtools # 安装需要的软件，完了之后可以在这个环境下进行分析
conda deactivate # 分析结束后退出环境
# 需要注意的是，在rna环境下安装的软件只有在激活环境后才能使用。

挺简单的样子，但是真正的操作过程中（尤其对于初学者），很可能步步为坑。出现的问题可能是conda的下载版本与系统不匹配（比如是mac的电脑却下载了Linux版本的conda）。也有可能是你遗漏了这么多代码中的某一行。要知道机器是绝对理性的，千万不要有侥幸心理。

建议参考的其他文章：

1. 测试conda镜像
2. conda软件下载