1. 组织是一个协作的系统——对原有组织理论的颠覆
由于受古典经济学的影响，巴纳德以前的组织理论偏重于专业分工和结构效率，对组织中的人员没有足够的重视。后来，霍桑等人开始关注人的行为，并提出了“非正式组织”的概念，但是，霍桑等人关注的焦点是人与人之间的社会关系和心理感受，对正式组织则视而不见，这正是组织理论的缺陷所在，巴纳德从根本上改变了这一缺陷。
协作是整个社会得以正常运转的基本而又重要的前提条件。社会的各种组织，不管它是政治的、军事的、宗教的，还是企业的、学术的，都是一个协作系统。而且协作系统是一个动态的过程，它的运营环境以及组成要素都在不断地变化，因此协作系统也处于不断的发展变化之中。
一个协作系统是由许多个人组成的。但个人只有在一定的相互作用的社会关系之下，同其他人协作才能发挥作用。个人对于是否参加某一协作系统（即组织）可以作出选择。他们的这种选择是以个人的目标、愿望、推动力为依据的。而组织则通过其影响和控制的职能来协调和改变个人的行为和动机。但是，这种协调和改变并不总是能够获得成功，组织和个人的目标也不一定总是能够得到实现。
由于个人目标和组织目标的不一致，巴纳德提出了“效力”和“效率”这两条原则。他认为，每一个正式的组织都有一个既定的目标。当这个组织系统协作得很成功时，它的目标就能够实现。这时，这个协作系统是有“效力”的。反之，如果这个组织的目标没有实现，其协作系统一定存在毛病，行将崩溃或瓦解。所以，系统的“效力”是系统存在的首要条件。至于系统的“效率”，是指系统成员个人目标的满足程度。协作“效率”则是个人效率综合作用的结果。如果一个系统是无效率的，它就不可能是有效力的，因而也就不可能存在。这样，巴纳德就把正式组织的要求同个人的需要结合起来了。这个理论被西方管理学者誉为管理科学思想上的一个重大突破，至今仍为许多人所信奉。
2. 组织平衡理论——社会系统理论的核心
组织就是一个有意识地对人的活动或力量进行协调的体系。一个组织的成立需要具有3个条件：①能够互相进行信息交流的人们；②这些人们愿意作出贡献；③实现一个共同目的。这3个条件构成了组织的3大要素，即协作意愿、共同目的和信息交流。一个组织的生存和发展则依赖于组织的内部平衡与外部适应和谐地综合起来。巴纳德这种组织平衡理论具有独创性和远见卓识。
巴纳德指出：“组织的存在取决于协作系统平衡的维持。这种平衡开始时是组织内部的，是各种要素之间的比例，但最终和基本的是协作系统同其整个外界环境的平衡。”组织内部平衡，就是指组织为人们提供的诱因与人们为组织作出的牺牲保持平衡。如果“诱因”和“牺牲”失去平衡就会影响到组织的发展。这种平衡实质上是在要求组织内部各构成要素——协作意愿、共同目标和信息交流之间的相互作用力量要彼此持平，这样方能保证整个协作系统的健康发展。组织要使自己能够长期存在，必须适时地给它的成员和可能的贡献者提供有效的诱因，以刺激或激励相关人员的协作意愿。巴纳德认为，自我保存和自我满足的利己动机是激发个人协作意愿的重要力量，组织要想存在并长期维持，必须满足个人的这些动机，除非它能够改变这些动机。而诱因正是满足这些动机的最基本要素，诱因不恰当会导致组织解体、目的异化或协作失败。因此，提供恰当的诱因便成为管理的一个重要任务。
巴纳德的组织平衡论的基本出发点是个人参加组织的动机问题。个人为组织作出了牺牲，而组织则为个人提供了诱因，组织与管理的全部活动，都围绕着牺牲与诱因之间的平衡而展开。组织中的一切运转机制和行为规则，来自于这种组织平衡。从组织平衡理论出发，巴纳德笔下的组织，才真正成为由人构成的组织。以前组织理论里面缺乏人的因素的韦伯式偏差，以及虽然重视了人但却看不到正式组织的梅奥式偏差，都被巴纳德从根本上纠正了。这是巴纳德理论的意义所在，正是这种组织平衡论，成为后来影响颇大的西蒙组织行为理论（决策理论）的出发点。
3. 经理人员的职能
在一个企业中，经理人员的作用就是在一个正式组织中充任系统运转的中心，并对组织成员的活动进行协调，指导组织的运转，实现组织的目标。巴纳德提出了经理人员须具备的三项基本职能，分别如下。
1）建立和维持信息交流系统
正式组织的复杂性使得有必要建立一个信息交流系统。因为组织中的各个部分和要素必须联结为一个整体，共同的目标必须有明确的规定，并且让组织的成员都接受，使活动的进展维持正常的顺序，这些要求离开信息交流系统是不能很好地实现的。即使有沟通渠道，也应该是方便和直接的。这样的信息系统也就是经理人员组织。经理人员组织的建立包含确定经理人员的职务，以及找到合适的人来担任这些职务，让他们充分发挥他们的才能。
这样的经理人员应该具备一定的素质，他们要善于领会组织的整体性和复杂性，使组织中的各个部分协调地工作，这是经理人员最重要的品质；他们还必须领会到与组织有关的整个形势和组织所承担的责任，他们要忠于组织，要有勇气、有判断力，受到过专门的学习和训练。由此可见，建立一个这样的信息系统是需要技巧的。
2）从组织成员那里获得必要的服务
这项职能主要指以下内容：招募和选拔能最好地作出贡献并协调地进行工作的人员，以及采用巴纳德称之为“维持”的各种手段，如“士气”的维持，诱因的维持，监督、控制、检查、教育、训练等因素的维持，以此来维护协作系统的生命力。
3）提出和制定组织的目标
组织目标是整个组织存在的灵魂，也是组织奋斗的方向。但是组织的共同目标不是一成不变的，它应当随着组织规模的变化、人员的变化、外界环境的变化和发展而随时调整。组织目标制定的好坏对组织目标能否实现的作用也非常大。
制定组织目标的职能由单个经理人员是不可能完成的，这样即使制定出来也是不会被成员所接受的，只有被接受的才能实现。
组织的整体目标要由各个部门的单独的具体的目标来整合，这其实就是把组织的权力交给各个部门，让所有的部门都接受组织的目标，相互联系起来协调地实现组织的目标。这其实是“目标管理”思想的萌芽。
在制定组织目标时，应具备综合性、总体性、清晰性、可分性和层次性等特点。确定组织目标时应遵循灵活性与一致性结合的原则，要有一定的可能性，同时也要有一定的挑战性。
经理人员的3项职能并不是孤立的，而是整个组织的组成要素。与其说这是一种科学，倒不如说这是一种艺术，他们不仅要决定各个部门采取的措施，还要从整体上来领会和平衡，来合理安排。在作一项决定时，要综合考虑对多个部门的影响，考虑到决定的好处，也要考虑到它的坏处。所以高层的经理们要有整体的系统的观念，要在各个部门的利益之间找到最佳的平衡。
除了上述3个要素以外，巴纳德把决策和授权的职能也包括了进来。授权是一种决策，这种决策包括所追求的目标和达到这个目标的手段两个方面。其结果是在协作系统内部对各种不同的权力和责任加以安排，以使组织的成员知道他们怎样为所追求的目标作出贡献。至于决策本身，则包括两个方面：分析和综合。分析是寻找能使组织目标得以实现的战略因素；而综合则是认识到组成一个完整系统的各个要素或部分之间的相互关系。
4. 经理人员的权威——权威来自于下属的接受
以往的权威概念是建立在某种等级序列或组织地位的基础之上的。巴纳德则强调权威由作为下级的个人来决定，给予了一种自下而上的解释。如果经理人员的指示得到执行，则执行人身上就体现了权威的建立，如果没有执行则说明他否定了这种权威。巴纳德提出了一个“无差别区”的概念来解释一个组织怎么才能够在这种独特的权威概念下进行工作。在这个无差别区中，每个人不允许提出有关权威的问题而必须接受命令。这个无差别区可大可小，这取决于组织对个人提供的诱因超过其负担或牺牲的程度。
“地位权威”指的是，命令之所以被接受就是因为上级具有权威，而不管上级的个人能力如何；在另一种情况下，命令之所以被接受是由于下级对某个人的个人能力的尊重和信任，而并不是因为他的级别或地位，巴纳德把这叫作“领袖权威”。当地位权威与领袖权威结合在一起时，无差别区就无比地宽广。
巴纳德反复强调使个人参加协作的重要性，认为只有在符合以下4项条件时个人才会认为上级的命令是有权威并可以接受的：个人能够并确实理解所传达的命令；他们认为这个命令与组织目标是一致的；他们认为从整体说来这个命令同他们的个人利益是一致的；他们在精神上和体力上能遵守这个命令。
生活中我们经常发现这样的现象：同样是领导，有的人在员工中的威信很高，他颁布的命令下属会很尽心地去完成；有的领导则不然，员工们虽然在表面上不敢说什么，但背后却不执行他的指令。
这样的差别就是由权威造成的。权威高的领导者使员工从内心佩服他，愿意为他工作，没有权威的领导者则使员工背离他，对他产生厌恶、反感的情绪。领导者要懂得建立权威的原则，很重要的一条就是不能发布无法执行或者不能执行的命令，这样做只会削弱权威，影响员工的士气。当有些命令难以执行却又必须发布时，领导人员要给予必要的教育和解释，采用一些积极的激励措施，确保命令得到执行。
巴纳德认为，领导者的领导行为包括三项内容：
（1）制定行动目标。即依据组织的宗旨或任务制定自己的行动目标。在制定目标以前，他应该集思广益，善于听取各个方面的意见。但是，一旦目标确定以后，就应该坚决实现。发挥组织领导能力。技术和专业知识固然重要，但更应该注意发挥组织领导和人际关系方面的能力。
（2）善于应用组织机构。领导者的重要职责是协调组织中的各项活动，而不是从事具体的技术工作或专业工作。
（3）积极发挥全体组织成员的积极性。领导者的成绩主要不是表现在他个人干了多少，而是表现在能否把全体成员的积极性调动起来。
当一个人被提升为管理者时，他的权力就具有了，但权威的建立，还是要靠他们自己。
他们要具有领导者的基本的品质，巴纳德认为主要有以下几点：
体力，特别是精神方面的活力和坚持力。这当然要有一定的身体健康为基础，但两者不能等同起来。主要还在于领导者精神和心理上的品质。领导者有了高度的活力和坚持力，才能承担繁重的领导工作，取得丰富的知识和经验，并表现出吸引群众的个人魅力。
决断力。作决策是领导者的主要职能，作决策必须看准时机，当机立断，不能犹豫不决，耽误时机，而且决策还要正确。
处理人际关系的能力。领导者的主要职能之一是同人打交道。这首先就需要了解人，理解对方的思想、心理和需求，这样才能做好说服工作，使人愿意参加组织并发挥积极性。他们要善于同各种不同的人打交道，善于上下沟通。
高度的责任心。领导者的权力很大，职责也很重，这些都要求领导者有高度的责任心，只有如此才能正确地使用权力，圆满地完成职责。
高度的智力。领导者要指引整个组织前进和处理各种重大的事务，所以，必须有高度的智力才能胜任。巴纳德把智力放在领导者基本品质的最后，这是他在《经理人员的职能》一书中反复强调的重视心理活动过程的必然表现。但放在最后，这并不意味着智力因素不重要，而是说首先要具备心理上的必要条件以后，再拥有高度的智力，才能做好领导。