miniconda安装与使用

miniconda安装与使用

conda的安装与使用(2021-04-27更新)

下载网址

官网：https://conda.io/miniconda.html

wget 下载 linux 版本

wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

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安装命令

chmod 777 Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
cd ~/miniconda3/bin/
chmod 777 activate 
. ./activate

当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了

添加频道

添加镜像地址

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

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conda使用

查看当前存在的环境

conda env list
conda info --envs

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创建环境

conda create -n rnaseq
# -n：设置新的环境名字
# -y：直接跳过安装的确认过程

激活 rnaseq 环境

conda activate rnaseq

image-20210622110243451

退出环境

conda deactivate

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删除环境

conda remove -n rnaseq --all

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查找软件

conda search gatk

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安装软件，最好在分析环境中进行

conda install gatk

查找安装软件

conda list

更新指定软件

conda update gatk

卸载指定软件

conda remove gatk