MDR，Multifactor Dimensionality Reduction （多因子降维法） to detect&nb

MDR，Multifactor Dimensionality Reduction （多因子降维法） to detect&nb

1.candidate SNPs.

2. 根据SNP combination 得到不同的genotype （diplotype）。

3.1. case-control样本： 计算每种genotype中 case：control 比， 大于threshold （通常选1） 记做high-risk， 小于threshold 记做low-risk.

3.2. family 样本：计算每种genotype-PDT statistic，大于大于threshold （通常0）记做high-risk， 小于threshold 记做low-risk。genotype-PDT statistic计算：(比较复杂，见E.R Martin,2005) 1）对于parents & affected-sibling结构的family：主要因素是 #transmitted allele pairs - #nontransmitted allele pairs. 2)对于affected & unaffected sibling结构的family：主要是 #allele pairs in affected - #allele pairs in unaffected

4.多种genotype 降维至high-risk 与low-risk两组。

5.计算best model。将样本随机分成N份，在N-1中计算model，在剩余1份进行验证。使用 cross-validation n次以上，计算出accuracy 和 error。 permutation得到P值。