3.Autodock使用大分子蛋白处理（20180706）

1.把小分子删掉

Edit--Delete--Delete Molecular--选中--Delete

2.载入蛋白质分子

File--Read Molecular--找到对应蛋白的pdb文件--打开

3.根小分子一样加氢

4.根小分子一样加电荷

5.处理指定为对接的蛋白质

Grid--Macromolecule--choose--选中--点击Select--确定

默认存为.pdbqt文件

6.存好后点Grid--set Map Types--direct（这里涉及蛋白包含的原子，检查一下，如果涉及其他原子要写入进去，一般是都包含在里面了）--accept

7.再点Grid--gridbox--图上显示一个盒子（小分子只在盒子里尝试对接）

一般你这种小分子与蛋白结合的位点是已知的。

8.调节上面number三个按钮，可以改变box在三个维度上的大小，

调整小面三个齿轮按钮可调整box的中心位置（这一步要摸索一下）

参考在pdb数据库中这个蛋白质与其他小分子的结合位置的坐标

9.设置好box--点file--close saving current--

10.保存目前设置：

Grid--output--save GPF--存到最初建立的文件夹下，文件名.gpf

现在运行autogrid为蛋白质分子创建map。

打开CMD--切换路径到我们存储文件的文件--输入命令：autogrid4 -p 文件名.gpf -l 文件名.glg

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