3-【blast】的安装和使用（2021.5.1）

安装时间：2021.2.3

1. 简介

    BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)，是一套在DNA数据库或蛋白质数据库中进行局部相似性比对分析的工具，其中包括blastn（核酸比核酸），blastp（蛋白比蛋白）和blastx（核酸比蛋白）、tblastn（蛋白比核酸）等工具。

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2. 安装

2.1 利用conda安装

conda install blast

2.2官网下载安装包，解压缩后安装

1. 下载：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
2. 解压缩
3. 将目录添加到系统环境变量

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3. 使用（以blastn为例）

3.1 两条序列进行比对

blastn -query  -subject  -out <输出结果> -outfmt 0 -dust no

参数说明：
1. -query：需要查询的序列
2. -subject：靶标序列
3. -outfmt：输出格式，有多种格式可选，常用0和6。（默认：0）
4. -dust：输出结果是否忽略简单部分。在tblastn等程序中该参数为-seg

3.2 一对多，多对多序列比对

第一步：建立数据库索引

makeblastdb -in  -dbtype prot -out 

参数说明：
1. -in：需要格式化的序列文件，为fasta格式包含所有序列的单独文件
2. -dbtype：数据库的类型，nucl或者prot
3. -out：输出数据库的名称，后续比对会用到

第二步：比对

blastn -query  -out  -db  -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 10

参数说明：
1. -query：输入文件路径及文件名
2. -out ：输出文件及文件名
3. -db：第一步中格式化后的路径及数据库名
4. -outfmt：输出文件格式，通常用数字6，输出的文件是m8格式文件
5. -evalue：设置输出结果的阈值，一般为1e-5
6. -num_threads：使用线程数（默认：1）

m8格式文件说明：

• Query_id：查询序列ID标识
• Subject_id：比对上的目标序列ID标识
• %_identity：序列比对的一致性百分比
• alignment_length：符合比对的比对区域的长度
• mismatches：比对区域的错配数
• gap_openings：比对区域的gap数目
• q.start：比对区域在查询序列(Query id)上的起始位点
• q.end：比对区域在查询序列(Query id)上的终止位点
• s.start：比对区域在目标序列(Subject id)上的起始位点
• s.end：比对区域在目标序列(Subject id)上的终止位点
• e-value：比对结果的期望值，越小越好
• bit_score：比对结果的bit score值