如何从NCBI中获得16S rRNA序列

NCBI收集了16S ribosomal RNA sequence，可以进行下载：
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db

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解压后是已经建好索引的文件：

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并没有核苷酸文件，可以通过以下命令将全部16S的序列取出来：

blastdbcmd -db ./16S_ribosomal_RNA -dbtype nucl -entry all -outfmt "%f" -out 16S_ribosomal.fa

序列保存在16S_ribosomal.fa文件中了，打开就是核苷酸序列了

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