qiime2 使用dada2去燥时出现的问题

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# 导入Phred33格式单端测序结果

qiime tools import \

  --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \

  --input-path sample.txt \

  --output-path single-end-demux.qza \

  --input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2

# 测序结果质量可视化

qiime demux summarize \

  --i-data single-end-demux.qza \

  --o-visualization demux.qzv

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结果可视化

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在选择trunc-len时，我们选择最小的值194，以保留更多的序列数。

#使用dada2进行序列去燥

qiime dada2 denoise-single \

--i-demultiplexed-seqs single-end-demux.qza \

--p-trunc-len 194 \

--o-representative-sequences rep-seqs-dada2.qza \

--o-table table.qza \

--o-denoising-stats dada2-stats.qza

#可视化去燥过程

qiime metadata tabulate \

--m-input-file dada2-stats.qza \

--o-visualization dada2-stats.qzv

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去燥过程

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可以发现即使我们使用了序列质量可视化文件中占比最低的length=194作为截取参数，仍然去除了80-90%的序列数，这就比较诡异。

事实上，我共测序了10批样品，只有这批样品出现了这个问题，猜测可能是测序公司的测序质量除了问题，或者拼接出现了问题。因为我是使用的公司返回的拼接好的CleanData进行的分析。