Ubuntu下MPI并行环境配置
下面以两台计算机为例，配置MPI并行环境。
一、修改机器主机名
为了方便我们给两台机器分别取名为 master（作为主节点） 和 node1。（不改也无所谓，就是不方便而已）
sudo vi /etc/hostname二、给机器配置固定 IP
（如果已经配好固定ip，就忽略这一步。）
配置IP：（假设分别配置为 192.168.0.100 和 192.168.0.101）
sudo vi /etc/network/interfaces
auto lo
iface lo inet loopback
auto eth0
iface eth0 inet static
address 192.168.0.100
netmask 255.255.255.0
gateway 192.168.0.1
然后配置 DNS 服务器：
sudo vi /etc/resolv.conf
nameserver xxx.xxx.xxx.xxx(查看自己的网络连接的dns)
然后重启网络服务：
sudo /etc/init.d/networking restart
三、配置机器 hosts
配置两台机器上的 hosts 文件：
sudo vi /etc/hosts修改上述文件前几行：（两台机器做一样的配置）
127.0.0.1 localhost
192.168.0.100 master
192.168.0.101 node1四、挂载 NFS 文件系统
在两台机器上都执行下述指令：
sudo apt-get install nfs-kernel-server nfs-common
sudo mkdir /mirror这样一来，我们就在根目录下创建了一个 /mirror 目录，接下来我们将通过挂载把该目录作为所有节点的共享目录，那么，我们后续安装 mpich2 时，只要安装到该目录，我们就只需要在主节点 master 上安装一次即可。
如果目前你所在的用户组不是 root 的话（假设用户组为heregy），那么还需将刚刚创建的 /mirror 目录的权限改为 heregy：
sudo chown heregy /mirror
/mirror 192.168.0.100(rw,sync)
/mirror 192.168.0.101(rw,sync)接下来，就可以在 node1 上执行下述命令实现挂载了：
sudo mount master:/mirror/ /mirror/五、实现主从节点之间 SSH 无密码互访
首先，给两台机器安装SSH服务，执行如下命令：
sudo apt-get install ssh
ssh-keygen -t rsa一直回车，即可生成 .ssh 目录。
然后，在 master 节点上：
进入 .ssh 目录：
cd ~/.ssh生成 authorized_keys 文件：
cat id_rsa.pub >> authorized_keys拷贝 authorized_keys 到 node1 节点上：
scp authorized_keys node1:~/.ssh/在 node1 节点上的操作基本相同，命令如下：
cd ~/.ssh
cat id_rsa.pub >> authorized_keys
scp authorized_keys master:~/.ssh/然后，只要关闭两个节点的防火墙，就可以实现无密码互访了：
sudo iptables –P INPUT ACCEPT
sudo iptables –P OUTPUT ACCEPT
sudo ufw disable六、安装 mpich2
首先，下载 mpich2 的安装包到主节点的 /mirror 目录下，命令如下：
wget -c http://www.mpich.org/static/downloads/3.0.4/mpich-3.0.4.tar.gz然后，在 /mirror 目录下解压：
cd /mirror
mkdir mpich2
tar zxvf mpich-3.0.4.tar.gz
解压完毕后，开始安装：
cd mpich-3.0.4
./configure --enable-fc --enable-cxx --enable-romio --enable-threads=multiple --prefix=/mirror/mpich2 --with-pm=mpd
make
make install
七、配置 mpich2 的环境变量
打开 ~/.bashrc 文件：
vi ~/.bashrc在该文件末尾添加以下语句：
PATH=$PATH:/mirror/mpich2/bin
export PATH
MPI_LIB=$MPI_LIB:/mirror/mpich2/lib
export MPI_LIB
MPI_INCLUDE=$MPI_INCLUDE:/mirror/mpich2/include
export MPI_INCLUDE然后，需要配置 /etc/environment 文件使 ssh 能找到 mpich2 的安装目录：
sudo vi /etc/environment在该文件的 PATH 环境变量中添加 /mirror/mpich2/bin（不同路径用冒号隔开），效果如下：
PATH="/mirror/mpich2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games"接下来，用以下命令测试 mpich2 是否安装成功：
which mpd
which mpiexec
which mpirun如果安装正确，执行结果应该分别为：
/mirror/mpich2/bin/mpd
/mirror/mpich2/bin/mpiexec
/mirror/mpich2/bin/mpirun
八、配置 mpd
首先，在两个节点上执行命令：
vi ~/mpd.hosts然后，写入所有节点的hostname：
master
node1然后，需要配置 ~/.mpd.conf 文件，（在所有节点上），使用如下命令：
echo secretword=xxx >> ~/.mpd.conf //xxx随便填将 ~/.mpd.conf 文件的权限设置为 600：
sudo chmod 600 ~/.mpd.conf这样一来，mpd 完成配置，可以使用以下命令测试 mpich2 是否正常工作：
mpd & //启动该节点
mpdboot -n 2 -f ~/mpd.hosts //启动mpd.hosts中的两个节点
mpdtrace //查看已启动的节点
mpdallexit //关闭所有运行节点
九、执行 mpi 程序
这里直接使用 mpich2 的安装包中自带的 examples 进行测试。（如果要使用自己写的程序，最好放到 /mirror 目录底下，这样只要在一个节点上上传或修改程序就好了，比较方便）
首先启动并行集群：
mpdboot -n 2 -f ~/mpd.hosts然后进入安装包解压位置里的 example 目录，接下来就可以直接运行了：
cd /mirror/mpich-3.0.4/examples
mpiexec -n 4 ./cpi执行结果类似于：
Process 0 of 4 is on master
Process 2 of 4 is on master
Process 1 of 4 is on node1
Process 3 of 4 is on node1
pi is approximately 3.1415926544231243, Error is 0.0000000008333312
wall clock time = 0.002129可以看出来，4个进程被平均分配到了2个节点上。
十、MPI 程序编译
直接贴一个 makefile 出来：
CC = mpic++
CFLAGS = -g -I$(HOME)/include -I/mirror/mpich2/include
ALL = main
all: $(ALL)
#.SUFFIXES: .cpp .o
#.cpp.o:
# g++ $(CFLAGS) -c $*.cpp
a.o: a.h
gcc $(CFLAGS) -c a.c
b.o: b.h
g++ $(CFLAGS) -c b.cpp
main.o: main.cpp main.h a.h b.h
$(CC) $(CFLAGS) -c main.cpp
main: main.o a.o b.o
$(CC) $(CFLAGS) -o main main.o a.o b.o
clean:
rm -f $(ALL) *.o