fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html

fasta和fastq格式文件的shell小练习

原文链接

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：
下载bowtie2软件后拿到示例数据：

mkdir -p ~/biosoft
cd ~/biosoft
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip 
unzip bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip 
cd ~/biosoft/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/example/reads

1)统计reads_1.fq 文件中共有多少条序列信息

2）输出所有的reads_1.fq文件中的标识符(即以@开头的那一行)

3. 输出reads_1.fq文件中的 所有序列信息(即每个序列的第二行)
   4）输出以‘+’及其后面的描述信息(即每个序列的第三行)
   5）输出质量值信息(即每个序列的第四行)
4. 计算reads_1.fq 文件含有N碱基的reads个数
5. 统计文件中reads_1.fq文件里面的序列的碱基总数
   8）计算reads_1.fq 所有的reads中N碱基的总数
   9）统计reads_1.fq 中测序碱基质量值恰好为Q20的个数
   10）统计reads_1.fq 中测序碱基质量值恰好为Q30的个数
   11）统计reads_1.fq 中所有序列的第一位碱基的ATCGNatcg分布情况
   12）将reads_1.fq 转为reads_1.fa文件(即将fastq转化为fasta)
6. 统计上述reads_1.fa文件中共有多少条序列
   14）计算reads_1.fa文件中总的碱基序列的GC数量
   15）删除 reads_1.fa文件中的每条序列的N碱基
   16）删除 reads_1.fa文件中的含有N碱基的序列
7. 删除 reads_1.fa文件中的短于65bp的序列
   18） 删除 reads_1.fa文件每条序列的前后五个碱基
   19）删除 reads_1.fa文件中的长于125bp的序列
   20）查看reads_1.fq 中每条序列的第一位碱基的质量值的平均值

echo $PATH |grep -o ":"|wc
cat reads_1.fq |paste - - - - |less -SN 
cat reads_1.fq |paste - - - - |cut -f 2|grep -o [ATCGNatcg]|wc
# http://ascii.911cha.com/
# 63 ?
# 53 5
# 97 a
# 107 k

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