可能会用到的R语言包~2

aplot

Y叔开发，拼图解决坐标对齐的问题

extrafont

解决ggplot2绘图导出pdf文件中文字体乱码的问题 对应的B站介绍视频https://www.bilibili.com/video/BV1ke411p7B4?from=search&seid=18105130207805018028

rstatix

里面有一个函数sample_n_by()分组取样，基本用法sample_n_by(iris,Species,size=3)，还有一些其他用来做数理统计的函数，比如t检验，卡方检验之类的，鉴定离群值的函数identify_outliers()帮助文档提供的一个例子

demo.data <- data.frame(
  sample = 1:20,
  score = c(rnorm(19, mean = 5, sd = 2), 50),
  gender = rep(c("Male", "Female"), each = 10)
)
identify_outliers(demo.data,score)

还有函数is_outlier()直接输入向量鉴定异常值

plantlist

查询和处理植物学名的用R程序包，科学网介绍文章 http://blog.sciencenet.cn/blog-255662-846673.html
自己可能会用到输入拉丁名然后获取科属信息这个功能
自己看论文的时候遇到拉丁名总会想知道中文名，不知道有没有软件可以实现翻译拉丁文为中文名

pdftools

今天在 生信技能树 公众号 看到的推文 R语言奇淫巧技之pdftools包，操作pdf文件非常方便，用到的时候可以回过头看这篇推文。

bioseq

公众号文章 MEE:生物序列数据处理工具R包bioseq，主要功能是实现了DNA、RNA和氨基酸三种生物序列数据处理。

ggthreed

能够绘制3d效果的饼图
github链接 https://github.com/coolbutuseless/ggthreed

image.png

ggforce

绘制部分分离的饼图 https://www.data-imaginist.com/2016/announcing-ggforce/

image.png

broom

Convert Statistical Objects into Tidy Tibbles
可以将统计分析的结果转化为数据框，然后写入到文件里

Superheat

复杂数据画热图

ggvenn

韦恩图 github链接 https://github.com/yanlinlin82/ggvenn

Cairo

导出pdf文件字体的问题

代码

install.packages("Cairo")
library(Cairo)
library(ggplot2)
df<-iris
colnames(df)<-LETTERS[1:5]
library(extrafont)
fonts()
p1<-ggplot(df,aes(x=A,y=B))+
  geom_point(size=8,color="skyblue")+
  theme_bw()+
  annotate("label",x=7,y=2.2,label="Iris\nFontFamily")
ggsave(p1,filename = 'test.pdf',
       device = cairo_pdf,
       family='Times New Roman')

image.png

BRRR

在 卖萌哥 的推送https://www.jianshu.com/p/f83fee3e5a60发现的这个R包。可以发出声音应用场景是如果R语言程序运行时间比较长，可以在结尾处加上一条命令，程序结束后可以用声音来提醒自己。哈哈哈哈哈，自己试了一下，里面的声音还挺好玩的。

安装方式

devtools::install_github("brooke-watson/BRRR")

现在好像内置52种声音，我自己都试了一遍。最开始想直接写循环，R直接自己退出了。接下来想到能不能在循环的时候设置时间间隔？暂时还不知道如何实现。遂单条命令一个一个运行。

help(package="BRRR")
library(BRRR)
skrrrahh_list()
skrrrahh(sound = 1)
skrrrahh(sound = 2) #
skrrrahh(sound = 3)

patternplot

https://cran.r-project.org/web/packages/patternplot/vignettes/patternplot-intro.html
用额外的图片填充图片的背景

比如以上链接的图片

image.png

image.png

ggpattern

github主页 https://github.com/coolbutuseless/ggpattern

一些图片

image.png

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