7-【bioconda】的安装和使用（2021.2.10）

安装时间：2021.2.10

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1. conda简介

    conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，主要解决了软件在安装过程中需要的依赖包和环境的问题。conda分为anaconda和miniconda。前者安装包较大，包含了较多默认安装包，而miniconda属于精简版本，可根据自己需要安装软件，推荐安装miniconda。

什么是bioconda?
    在安装好miniconda之后，添加相应的生物信息软件相关的源之后，就是bioconda了。换言之，bioconda就是一种生物定制版本的conda。

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2. bioconda的安装

参考来源：miniconda、卖萌哥

2.1 下载安装miniconda

第一步：下载miniconda

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

第二步：运行脚本

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

第三步：一直yes或者回车就可以了
第四步：刷新配置后，就进入conda环境了

source ~/.bashrc

2.2 添加频道channels

2.2.1 常用的源

    添加频道就是添加下载的站点，可以根据需要选择以下的任意一个即可：

• 官方源（网速较慢不推荐）

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

• 清华镜像源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

• 北外镜像源

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

• 中科大镜像源

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --set show_channel_urls yes

2.2.2 关于源的一些操作

1. 显示安装的频道

conda config --set show_channel_urls yes 

2. 查看安装的频道

conda config --get channels

3. 删除某个频道

conda config --remove channels https://www.idiap.ch/software/bob/conda

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3. 利用conda安装软件

3.1 常规使用（以blast为例）

1. 搜索可安装版的版本

conda search blast

2. 直接安装

conda install -y blast #默认安装最高版本

加上-y选项可以直接进行安装而不用询问

3. 升级软件

conda updata blast

4. 查看当前环境安装的所有软件

conda list

5. 删除软件

conda remove blast 

3.2 创建新环境安装软件

必要性：不同的软件对python的版本要求不同，创建新环境之后避免了软件依赖包间的冲突造成的软件安装失败

1. 查看所有的环境

conda env list

2. 创建一个python2的环境

conda create -y -n  python2 python=2

-n指定新环境名称，-y跳过询问安装过程

3. 进入/退出python2环境

conda activate python2
conda deactivate python2

4. 删除环境

conda remove -n python2 --all

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4. 提升安装软件速度的方法

4.1 添加较快的源，同时提升网速

4.2 在conda环境中下载mamba

mamba

conda install mamba -c conda-forge

下载之后，使用时直接用mamba替代conda即可（据说会快一些，但我没试过。。。）

-c指定下载的源

5. conda问题集锦

问题一：创建新的环境时出现：Segmentation fault (core dumped)

• 原因：之前有安装过软件，但是并没有成功，存在残余的安装包
• 解决办法：打开miniconda中的文件【pkg】，删除下载的压缩包即可