最近学习了生信技能树的《Chip-seq测序数据分析》课程，在下载SRA数据的时候，卡壳了。搞了好几天。
按照曾老师B站中的说法，应该用sra-tools中的prefetch来下载，但是速度就像冬眠的蜗牛，纹丝不动！只好另择他径。
微信发给曾老师，提示需要用aspera来下载。搜了下面的两个帖子，
学员分享-aspera踩坑记录
https://cloud.tencent.com/developer/article/1665360
使用aspera从EBI下载fastq数据，抛弃NCBI的SRA数据库吧！
https://mp.weixin.qq.com/s/8xWl_DAYhFnLjdlg5ZcdIw
但真正正规的说明书在这里：
https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/retrieval/file-download.html#using-aspera
结合自己一点薄弱的Linux知识，愣是给搞下来了。
具体步骤如下：
首先创造了虚拟环境chipseq，所有的操作都是在其中进行。
利用conda安装aspera：
conda install -y -chcc aspera-cli #注意帖子里面空格缺乏，都是坑。
which ascp #找到ascp的位置
找到要下载的数据的BioProject；一般知道它的GEO accession和SRA number就可以从GEO和SRA网站上找到。通过下面这个网站进入https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
图片1
在其中相应位置输入PRJNA156325，就可以找到自己想要的SRA数据。
注意show column selection的下拉菜单，其中要选中sra_ftp，（具体我也不知道ftp是个什么鬼，帖子里面还说用xftp传到自己的Linux系统中的操作目录中，我也不会，闷着头往前操作）。如果选择fastq_ftp，就可以看到gz格式的数据。传说fastq数据是SRA数据处理后得到的，也不知道，后面学到了再说吧。#这里的ftp地址很重要，我就是参照帖子里的下载方式，用这个地址改一下，然后下载的。
登录自己的腾讯云
PS: 这几天捣鼓了几下，学会了用阿里云app登录腾讯云，终于可以在手机上操作自己的腾讯云操作系统了，功夫不负有心人。
[root@VM-0-11-centos ~]#su xiangyukong
(base) [xiangyukong@VM-0-11-centos root]$ conda
deactivate #这里（base）是提示在base这个虚拟环境中，可以用conda deactivate退出这个操作环境，变成如下样子
[xiangyukong@VM-0-11-centos root]$ cd ~
[xiangyukong@VM-0-11-centos ~]$source activate
chipseq#继续操作，进入chipseq虚拟环境中。用conda
info --envs可以看到自己究竟有几个虚拟环境。
(chipseq) [xiangyukong@VM-0-11-centos ~]$
我的srr.list在~/projetc/epi/sra里面：下载正式开始：注意这里的"$id"，很神奇哦。
(chipseq) [xiangyukong@VM-0-11-centos ~]$catsrr.list |while read id;
do
echo "ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ~/miniconda3/envs/chipseq/etc/[email protected]:/vol1/srr/SRR391/"$id"~/project/epi/sra";
done>sra.download.sh
原来看着很迷糊，后来仔细一看，不就是while-do-done嘛。
后面的>sra.download.sh不知道是干啥的。
参考帖子里面的内容，执行了下面这句，据说是可以后台执行的。sra.download.log也不知道是干啥的。
nohup bash sra.download.sh>sra.download.log &
于是就下载成功了。
图片2，可以看到下载过程。
可以用top看到执行的程序，
用ps -ef | grep ascp看到执行的ascp程序。