一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（三）Alignment 比对

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一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（一）
一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（二）QC

3 Alignment

有很多软件都可以比对到参考基因组，hisat2，bowtie2，STAR等等（手上这台iMac不够内存跑STAR）

首先学一下hisat2的用法

hisat2 --help  ## 主要要学会使用--help等参数调用帮助文档（软件说明书）
Usage:
hisat2 [options]* -x  {-1  -2  | 
-U  | --sra-acc } [-S ]

-p/--threads  number of alignment threads to launch (1)

用法一，一步一个脚印

## 用“指鹿为马“的方法，将会重复出现的路径等缩略
wkd=/Users/Desktop/project

## 比对
cd $wkd/clean 

ls *gz|cut -d"_" -f 1,2 |sort -u |\
while read id; 
do 
   ls -lh ${id}R1_val_1.fq.gz ${id}R2_val_2.fq.gz 
   hisat2 -p 4 -x \
          /Users/Desktop/project/reference/hg38/hisat2 \ 
          -1 ${id}1_val_1.fq.gz \
          -2 ${id}2_val_2.fq.gz -S ${id}.hisat.sam 
done 

## 转为二进制文件sam to bam
ls *.bam| while read id; 
do 
(samtools sort -@ 4 -o $(basename ${id}".sam").bam ${id});
done
rm *.sam  # 移除sam文件

用法二：一步到位

vim align.sh ## 创建一个脚本,写入以下内容

#!/bin/bash
set -e
set -u
set -o pipefail

# source activate rna

# set PATH
HISAT2=/Users/Desktop/project/reference/hg38/hisat2

pwd

ls *gz | cut -d"_" -f 1,2 | sort -u |\
while read id
do
     echo "processing  ${id}_R1_val_1.fq.gz ${id}_R2_val_2.fq.gz"
     hisat2 -p 4 -x \
            $HISAT2/hg38.ht2 \ 
            -1 ${id}_R1_val_1.fq.gz \
            -2 ${id}_R2_val_2.fq.gz |\
            samtools sort -@ 4 > ${id}.hisat.bam


done
# source deactivate

运行脚本

nohup bash align.sh &

查看结果

请关注比对报告中的aligned concordantly exactly 1 time这一项内容，至少要80 %以上。

小彩蛋：洲更老师的锦囊 jobs and disown的使用

当我忘记nohup脚本的时候，但我又要离开实验室了，这时候使用disown帮助把跑到一半的任务丢到后台，惊呆了！神仙走位！

小结：本章所需知识背景

（1）什么是比对，比对前后数据的变化；

（2）fasta，fastq文件的规则以及包含的信息；

（3）比对结果的查看，比对率的由来。

以上知识点均可以在网上查到，建议在进行着一部分项目的时候，一定要补充上最基本的知识点。

问题集锦

收到了几个小问题，不过我几乎都无法解答，但我可以找到答案~

1. 我的怎么QC怎么回事？跑着跑着跑着就停了呀。

   
   
   QC报错？

问了代码才知道问题可能出在input上，过滤结束后的样本名是val.fq.gz ，出现这样结果的原因，应该是过滤出错了。

for id in {xx1,xx2,xxx3};
do 
echo "Processin sample ${id}"
hisat2 -p 5 -x /data1/reference/index/hisat2/hg19/hg19 \
-1 /data1/projects/clean/${id}_R1_trimmed.fq.gz \
-2 /data1projects/clean/${id}_R2_trimmed.fq.gz \
-S /data1/projects/align1/${id}.hisat.sam
done 

2. 为什么比对率这么低？

   
   
   image.png
   
   

   解答：

   
   
   image.png

3. 比对率的计算好像不对?
   怎么加起来都不等于96.7%呀？
   这样的问题，一般我都解决不了，我会直接放弃，然后寻求帮助。

   
   

解答：
具体请看：2018-12-04 Hisat2 map 结果与 samtools flagstat 结果不一致

感谢洲更