RNA-seq转录组数据分析丨一套完整的案例流程

今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤，最终获得基因表达信息。本文所有数据都经过特殊修改，仅供学习参考使用。

转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物，广义的转录组包括信使RNA，核糖体RNA，转运RNA及非编码RNA，狭义上是指所有mRNA的集合，转录组分析能够获得不同基因的表达情况。

1. 数据来源

假设有两个不同组织（PR和SR），每个组织各区三个样本，一共六个样本，利用illumina平台进行转录组测序，得到双端测序数据。数据原始格式为.fq,共有12条测序数据文件（每个样本产生两条）

PR1_2.fq  PR2_2.fq  PR3_2.fq  SR1_2.fq  SR2_2.fq  SR3_2.fq
PR2_1.fq  PR3_1.fq  SR1_1.fq  SR2_1.fq  SR3_1.fq

创建工作文件夹，并新建子步骤目录：00_trainingRawdata 01_trimmomaticFiltering 02_hisat2Mapping 03_featurecountsQuatification 04_DESeq2DEGanalysis

mkdir RNA-Seq_Practice 
cd RNA-Seq_Practice
mkdir 00_trainingRawdata 01_trimmomaticFiltering 02_hisat2Mapping 03_featurecountsQuatification 04_DESeq2DEGanalysis   
#批量创建工作文件夹
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