分子标记多态性信息量（PIC）的计算？

PIC指的是一个标记用于在群体检测多态性的价值。在芯片开发中可作为一个重要指标。

计算一

PIC取决于检测的等位基因的数目和它们的频率分布。其值等于1减去所有等位基因频率的平方的总和。例如，一个微卫星标记的两个等位基因的PIC频率各为0.5，应为1-[（0.5）² +（0.5）²]= 0.5，而两个等位基因频率是0.9和0.1的微卫星标记PIC为0.18。由此可见，等位基因数越大，PIC就越大；等位基因是一个特定数目，等位基因频率越平等，PIC的就越高。PIC值的比较可以给研究人员一个初步的结论，以解决各种标记类型的效率对遗传生物信息学具体问题的大致了解。

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对于双等位基因(biallelic sites)而言，与MAF差不多，简单计算：

PIC = 1-(maf^2+(1-maf)^2)

计算二

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PIC = 1- (maf^2+(1-maf)^2))-(2maf^2(1-maf)^2)

PICcalc: an online program to calculate polymorphic information content for molecular genetic studies

两种方法对于多态性评价差别不大，相对大小几乎是一致的。图简单用一即可。

参考：
https://www.researchgate.net/post/How_to_calculate_polymorphic_information_content_PIC_value_for_SNP_marker_data_manually_What_are_the_software_to_calculate_it#:~:text=When%20calculating%20the%20PIC%2C%20you%20first%20calculate%20heterozygosity%2C,which%20for%20an%20SNPs%20is%20just%202%2Amaf%5E2%2A%20%281-maf%29%5E2.
https://baike.baidu.com/item/pic/6322826
https://helda.helsinki.fi/bitstream/handle/10138/42438/PICcalc_2012_BIGI.pdf?sequence=2
https://www.docin.com/p-580493979.html#:~:text=PIC%E6%98%AF%E6%8C%87%E4%B8%80%E4%B8%AA%E6%A0%87%E8%AE%B0%E4%BE%9D%E9%9D%A0%E5%85%B6%E5%8F%AF%E6%A3%80%E6%B5%8B%E7%9A%84%E7%AD%89%E4%BD%8D%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E6%95%B0%E5%92%8C%E5%AE%83%E4%BB%AC%E7%9A%84%E5%88%86%E5%B8%83%E9%A2%91%E7%8E%87%2C%E4%BB%8E%E8%80%8C%E5%BE%97%E5%88%B0%E8%AF%A5%E6%A0%87%E8%AE%B0%E5%9C%A8%E4%B8%80%E4%B8%AA%E7%BE%A4%E4%BD%93%E4%B8%AD%E6%A3%80%E6%B5%8B%E7%9A%84%E5%A4%9A%E6%80%81%E6%80%A7%E5%A4%A7%E5%B0%8F%E5%80%BC%E3%80%82,PIC%E5%80%BC%E6%8C%89%E7%85%A7Anderson%E7%9A%84%E6%96%B9%E6%B3%95%E8%AE%A1%E7%AE%97%2C%E5%AF%B9%E4%BA%8E%E6%A0%87%E8%AE%B0i%E7%9A%84PIC%E5%80%BC%E8%AE%A1%E7%AE%97%E5%85%AC%E5%BC%8F%E4%B8%BA%3A%E5%85%B6%E4%B8%AD%3APij%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E6%A0%87%E8%AE%B0i%E4%B8%AA%E5%B8%A6%E5%9E%8B%E5%87%BA%E7%8E%B0%E7%9A%84%E9%A2%91%E7%8E%87%2C%E6%A0%87%E8%AE%B0i%E7%9A%84%E6%80%BB%E5%B8%A6%E5%9E%8B%E4%BB%8E1%E5%88%B0n%E3%80%82