将多个分子的SMILES字符串写入到一个文件中

以下是一个python代码,用于将多个分子的SMILES字符串写入到一个文件中:


from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

# 创建分子列表
mols = [Chem.MolFromSmiles('CCO'), Chem.MolFromSmiles('C1=CC=CC=C1')]

# 打开输出文件
with open('output.smi', 'w') as f:
    # 创建SmilesWriter对象
    writer = Chem.SmilesWriter(f, delimiter=' ', includeHeader=True, nameHeader='Name', isomericSmiles=True, kekuleSmiles=False)
    # 写入分子
    for mol in mols:
        writer.write(mol)

这段代码首先创建了一个包含两个分子的列表,然后打开了一个名为output.smi的文件,并创建了一个SmilesWriter对象。最后,循环遍历分子列表,将每个分子写入到文件中。

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