Linux作业（1-12题）

题目链接：http://www.bio-info-trainee.com/2900.html

一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。

(base) ynxie 19:55:09 ~
$ mkdir lianxi
(base) ynxie 19:55:42 ~
$ cd lianxi/
(base) ynxie 19:55:46 ~/lianxi
$ mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9
(base) ynxie 19:56:00 ~/lianxi
$ tree .
.
└── 1
    └── 2
        └── 3
            └── 4
                └── 5
                    └── 6
                        └── 7
                            └── 8
                                └── 9

9 directories, 0 files
(base) ynxie 19:56:05 ~/lianxi
$ 

二、在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txt

(base) ynxie 20:04:20 ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9
$ touch me.txt
(base) ynxie 20:04:36 ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9
$ ls
me.txt
############
(base) ynxie 20:05:23 ~
$ touch ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9 me.txt
(base) ynxie 20:05:38 ~
$ cd ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9
(base) ynxie 20:05:48 ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9
$ ls
me.txt

三、在文本文件 me.txt 里面输入内容:

(base) ynxie 20:05:50 ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9
$ vim me.txt 
(base) ynxie 20:10:29 ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9
$ cat me.txt 
Go to: http://www.biotrainee.com/
I love bioinfomatics.
And you ?

四、删除上面创建的文件夹 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文本文件 me.txt

(base) ynxie 20:15:44 ~
$ rm -r lianxi/
(base) ynxie 20:16:38 ~
$ ls

五、在任意文件夹下面创建 folder1~5这5个文件夹，然后每个文件夹下面继续创建 folder1~5这5个文件夹，效果如下：

(base) ynxie 20:16:40 ~
$ mkdir lianxi
(base) ynxie 20:49:43 ~
$ cd lianxi/
(base) ynxie 20:49:46 ~/lianxi
$ mkdir -p folder_{1..5}/folder_{1..5}
(base) ynxie 20:49:50 ~/lianxi
$ tree .
.
├── folder_1
│   ├── folder_1
│   ├── folder_2
│   ├── folder_3
│   ├── folder_4
│   └── folder_5
├── folder_2
│   ├── folder_1
│   ├── folder_2
│   ├── folder_3
│   ├── folder_4
│   └── folder_5
├── folder_3
│   ├── folder_1
│   ├── folder_2
│   ├── folder_3
│   ├── folder_4
│   └── folder_5
├── folder_4
│   ├── folder_1
│   ├── folder_2
│   ├── folder_3
│   ├── folder_4
│   └── folder_5
└── folder_5
    ├── folder_1
    ├── folder_2
    ├── folder_3
    ├── folder_4
    └── folder_5

30 directories, 0 files

六、在第五题创建的每一个文件夹下面都 创建第二题文本文件 me.txt ，内容也要一样。(这个题目难度超纲，建议一个月后再回过头来做)

~

七，再次删除掉前面几个步骤建立的文件夹及文件

(base) ynxie 20:49:54 ~/lianxi
$ rm -r folder_{1..5}

八、下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 文件，后在里面选择含有 H3K4me3的那一行是第几行，该文件总共有几行。

(base) ynxie 20:53:52 ~/lianxi
$ wget -c http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed
$ nl ./test.bed | grep "H3K4me3"

九、下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 文件，并且解压，查看里面的文件夹结构。

(base) ynxie 22:07:37 ~/lianxi
$ wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip
(base) ynxie 22:10:52 ~/lianxi
$ tree .
.
├── rmDuplicate
│   ├── picard
│   │   ├── paired
│   │   │   ├── readme.txt
│   │   │   ├── tmp.header
│   │   │   ├── tmp.MarkDuplicates.log
│   │   │   ├── tmp.metrics
│   │   │   ├── tmp.rmdup.bai
│   │   │   ├── tmp.rmdup.bam
│   │   │   ├── tmp.sam
│   │   │   └── tmp.sorted.bam
│   │   └── single
│   │       ├── readme.txt
│   │       ├── tmp.header
│   │       ├── tmp.MarkDuplicates.log
│   │       ├── tmp.metrics
│   │       ├── tmp.rmdup.bai
│   │       ├── tmp.rmdup.bam
│   │       ├── tmp.sam
│   │       └── tmp.sorted.bam
│   └── samtools
│       ├── paired
│       │   ├── readme.txt
│       │   ├── tmp.header
│       │   ├── tmp.rmdup.bam
│       │   ├── tmp.rmdup.vcf.gz
│       │   ├── tmp.sam
│       │   ├── tmp.sorted.bam
│       │   └── tmp.sorted.vcf.gz
│       └── single
│           ├── readme.txt
│           ├── tmp.header
│           ├── tmp.rmdup.bam
│           ├── tmp.rmdup.vcf.gz
│           ├── tmp.sam
│           ├── tmp.sorted.bam
│           └── tmp.sorted.vcf.gz
├── rmDuplicate.zip
└── test.bed

7 directories, 32 files

十、打开第九题解压的文件，进入 rmDuplicate/samtools/single 文件夹里面，查看后缀为 .sam的文件，搞清楚 生物信息学里面的SAM/BAM 定义是什么。

(base) ynxie 22:16:05 ~/lianxi/rmDuplicate/samtools/single
$ ls -l *.bam
-rw-rw-r-- 1 ynxie ynxie  8984 Nov 12  2016 tmp.rmdup.bam
-rw-rw-r-- 1 ynxie ynxie 10295 Nov 12  2016 tmp.sorted.bam

十一、安装 samtools 软件

source activate rna
conda install -y samtools

十二、打开 后缀为BAM 的文件，找到产生该文件的命令。 提示一下命令是：

(base) ynxie 22:32:09 ~/lianxi/rmDuplicate/samtools/single
$ find . -name "*.bam"
./tmp.sorted.bam
./tmp.rmdup.bam