PDB药物综合数据库必备8大类非付费网址80个

PDB(Protein Data Bank,简称PDB)蛋白质结构数据库是美国Brookhaven国家实验在1971年创建，由结构生物信息学研究合作组织(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,简称RCSB)维护。和核酸序列数据库一样，可以通过网络直接向PDB（访问网址：RCSB PDB: Homepage）数据库提交数据。

多年前医药研发人员查询文献数据，囊萤积雪，一本本书一页页翻一目目查找。如今互联网大数据医药研发数据查询悉数获知。

医药领域数据宽广，从药物的设计及合成再到活性试验，从临床前到临床试验再到批准上市，从药品到医疗器械，从患者到医生相关的数据库多不胜数。对于医药研发而言一个好的数据库能高效提升他们的工作效率，也是某种程度上的避免资源浪费。但好多医药数据库都是商业数据库，每年收费高昂，大部分医药相关人员敬而远之。不过市面上仍有一部分免费的数据库，如药融云医药数据库V4.0（个人版非付费申请）。下面给大家分享数据库附带各库的引用次数及Z-index。

疾病类​

1.    NCBI - National Center for BiotechnologyInformation

Types：disease、DNA、drug and chemical compound、基因表达、literature、metadata、phenotype、protein、RNA、standard，ontology and nomenclature

Location：United States

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Citation：16174

z-index：359.42

2.      COSMIC-Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer

Types：disease、DNA

Location：United Kingdom

网址：http://cancer.sanger.ac.uk

Citation：4018

z-index：261.1 

3.      MGD-Mouse Genome Database

Types：disease、DNA、基因表达、phenotype

Location：United States

网址：http://www.informatics.jax.org/

Citation：2658

z-index：126.57

4.      HGMD-The Human Gene Mutation Database

Types：disease、DNA

Location：United Kingdom

网址：http://www.hgmd.org

Citation：2655

z-index：123.90

5.      HPO-Human Phenotype Ontology

Types：disease、phenotype

Location：United States

网址：http://www.human-phenotype-ontology.org/

Citation：975

z-index：97.50

6.      CTD-Comparative Ttoxicogenomics Database

Types：disease、interaction and network

Location：United States

网址：http://ctdbase.org/

Citation：1016

z-index：67.73

7.      Atlasof Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematolog

Types：disease、DNA

网址：http://atlasgeneticsoncology.org/

Location：France

Citation：1188

z-index：66.00

8.      miR2Disease-miR-Disease

Types：disease、RNA

Location：China

网址：http://www.mir2disease.org/

Citation：537

z-index：59.67

9.      PlasmoDB-Plasmodium Genomics Resourse

Types：disease、DNA、metabolic and signaling pathway

Location：United States

网址：http://plasmodb.org/plasmo/

Citation：413

z-index：45.89

10.  DO-Disease Ontology

Types：disease、standard ontology and nomenclature

Location：United States

网址：http://www.disease-ontology.org/

Citation：248

z-index：40.92

DNA类

1.Ensembl- Ensembl

Types：DNA、protein、RNA

Location：United Kingdom

网址：http://www.ensembl.org/

Citation：12662

z-index：775.55

2.GenBank- GenBank

Types：DNA

Location：United States

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

Citation：46415

z-index：576.67

3.      GWASCatalog

Types：DNA、phenotype

Location：United Kingdom

网址：http://www.ebi.ac.uk/gwas/

Citation：3886

z-index：431.78

4.      UCSCGenome Browser- University of California,Santa Cruz Genome Browser

Types：DNA、基因表达、protein、RNA

Location：United States

网址：http://genome.ucsc.edu/

Citation：6429

z-index：428.60

5.      NCBI-National Center for Biotechnology Information

Types：disease、DNA、drug and chemical compound、基因表达、literature、metadata、phenotype、protein、RNA、standard,ontology and nomenclature

Location：United States

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Citation：16174

z-index：356.42

6.      COSMIC-Catalogue of Somatic Mutations in Cancer

Types：disease、DNA

Location：United Kingdom

网址：http://cancer.sanger.ac.uk/

Citation：4018

z-index：261.17

7.      TRANSFAC-a database on transcription factors and their DNA binding sites

Types：DNA、基因表达、interaction and network、protein、RNA

Location：Germany

网址：http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html

Citation：7590

z-index：213.90

8.      JASPAR

Types：DNA、protein

Location：Canada

网址：http://jaspar.genereg.net/

Citation：2924

z-index：204.68

9.      FlyBase-Database of Drosophila Genes & Genomes

Types：DNA、phenotype、RNA、standard,ontology and nomenclature

Location：United States

网址：http://flybase.org/

Citation：3836

z-index：159.83

10.  RefSeq- Reference Sequence databases

Types：DNA、protein、RNA

Location：United States

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

Citation：6794

z-index：154.75

药物与化合物类

1.      NCBI-National Center for Biotechnology Information

Types：disease、DNA、drug and chemical compound、基因表达、literature、metadata、phenotype、protein、RNA、standard,ontology and nomenclature

Location：United States

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Citation：16174

z-index：359.42

2.      DrugBank-Open Data Drug and Drug Target Database

Types：drug and chemical compound

Location：Canada

网址：http://www.drugbank.ca/

Citation：3839

z-index：319.92

3.      ChEMBL

Types：drug and chemical compound、interaction and network、protein

Location：United Kingdom

网址：https://www.ebi.ac.uk/chembl/

Citation：1746

z-index：209.52

4.      STITCH-Search Tool for Interacting Chemicals

Types：drug and chemical compound、interaction and network、protein

Location：Germany

网址：http://stitch.embl.de/

Citation：624

z-index：62.40

5.      BindingDB-BindingDB

Types：drug and chemical compound、interaction and network、protein、structure

Location：United States

网址：http://www.bindingdb.org/bind/index.jsp

Citation：706

z-index：62.26

6.      CARD-The Comprehensive Antibiotic Rresistance database

Types：drug and chemical compound

Location：Canada

网址：http://arpcard.mcmaster.ca/

Citation：286

z-index：47.48

7.      TTD-Therapeutic Target Database

Types：disease、drug and chemical compound

Location：Singapore

网址：http://bidd.nus.edu.sg/group/ttd/ttd.asp

Citation：232

z-index：37.89

8.      ChEBI-Chemical Entities of Biological Interest

Types：drug and chemical compound、standard,ontology and nomenclature

Location：United Kingdom

网址：http://www.ebi.ac.uk/chebi/

Citation：187

z-index：37.40

9.      PubChem

Types：drug and chemical compound、structure

Location：United States

网址：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

Citation：1412

z-index：32.95

10.  GDSC- Genomics of Drug Sensitivity inCancer

Types：disease、drug and chemical compound

Location：United Kingdom

网址：http://www.cancerrxgene.org/

Citation：114

z-index：20.75

相互作用与网络类

1.      SRTING-Known and Predicted Protein-Protein Interactions

Types：interaction and network、protein

Location：Switzerland

网址：http://string-db.org/

Citation：9248

z-index：513.78

2.      BioGRID-Biological General Repository forInteraction Datasets

Types：interaction and network、modification、protein

Location：Canada

网址：http://thebiogrid.org/

Citation：4359

z-index：286.97

3.      TRANDFAC-a database on transcription factors and their DNA binding sites

Types：DNA、基因表达、interaction and network、protein、RNA

Location：Germany

网址：http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html

Citation：7590

z-index：213.90

4.      SGD-Saccharomyces Genome Database

Types：DNA、基因表达、interaction and network、protein

Location：United States

网址：http://www.yeastgenome.org/

Citation：772

z-index：128.67

5.      miRTarBase-miRNA Target Database

Types：基因表达、interaction and network、RNA

Location：Taiwan

网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/

Citation：899

z-index：128.43

6.      WornBase-WornBase

Types：DNA、基因表达、interaction and network、phenotype、protein、RNA

Location：Canada

网址：http://www.wormbase.org/

Citation：2150

z-index：126.47

7.      DIANA-TarBase- DIANA-TarBase

Types：interaction and network、RNA

Location：Greece

网址：http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools

Citation：1513

z-index：126.08

8.      BRENDA-The Comprehensive Enzyme Information System

Types：interaction and network、protein、structure

Location：Germany

网址：http://www.brenda-enzymes.org/

Citation：706

z-index：99.85

9.      CTD-Comparative Toxicogenomics Database

Types：disease、interaction and network

Location：United States

网址：http://ctdbase.org/

Citation：1016

z-index：67.73

10.  TEASTRACT- Yeast Search for TranscriptionalRegulators And Consensus Tracking

Types：DNA、interaction and network、protein

Location：Portugal

网址：http://www.yeastract.com/

Citation：793

z-index：65.42

代谢与信号通路类

1.      KEGG -Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

Types：metabolic and signaling pathway、standard,ontology and nomenclature

Location：Japan

网址：http://www.kegg.jp/

Citation：25114

z-index：1321.79

2.      HMDB -The Human Metabolome Database

Types：metabolic and signaling pathway、protein

Location：Canada

网址：http://www.hmdb.ca/

Citation：2615

z-index：235.35

3.      Reactome- A Curated Pathway Database

Types：metabolic and signaling pathway

Location：United States

网址：http://www.reactome.org/

Citation：615

z-index：119.92

4.      PhosphoSitePlus

Types：metabolic and signaling pathway、modification

Location：United States

网址：http://www.phosphosite.org/

Citation：653

z-index：108.83

5.      EcoCyc- BioCyc Database Dollection

Types：metabolic and signaling pathway

Location：United States

网址：http://ecocyc.org/

Citation：3517

z-index：67.14

6.      APD -Antimicrobial Peptide Database

Types：metabolic and signaling pathway、modification、protein、structure

Location：United States

网址：http://aps.unmc.edu/AP/main.php

Citation：572

z-index：62.28

7.      REBASE-The Restriction Enzyme Database

Types：DNA、metabolic and signaling pathway、protein

Location：United States

网址：http://rebase.neb.com/

Citation：927

z-index：61.80

8.      PathwayCommons - Search and visualize public biological pathway information

Types：interaction and network、metabolic and signaling pathway

Location：United States

网址：http://www.pathwaycommons.org/about/

Citation：395

z-index：56.43

9.      PID -Patheay Interaction Database

Types：metabolic and signaling

Location：United States

网址：http://pid.nci.nih.gov/

Citation：593

z-index：56.43

10.  TAIR - The Arabidopsis Information Resource

Types：DNA、基因表达、interaction and network、literature、metabolic and signaling pathway、phenotype、protein、RNA、standard,ontology and nomenclature

Location：United States

网址：https://www.arabidopsis.org/

Citation：768

z-index：47.62

蛋白质类

1.      UniProt- The Universal Protein Resource

Types：protein

Location：United kingdom

网址：http://www.uniprot.org/

Citation：13605

z-index：962.07

2.      Pfam -Protein Families Database

Types：protein、structure

Location：United kingdom

网址：http://pfam.xfam.org/

Citation：19906

z-index：947.90

3.      Ensembl- Ensembl

Types：DNA、protein、RNA

Location：United kingdom

网址：http://www.ensembl.org/

Citation：12662

z-index：775.55

4.      STRING- Known and Predicted Protein-Protein Iinteractions

Types：interaction and network、protein

Location：Switzerland

网址：http://string-db.org/

Citation：9248

z-index：513.78

5.      UCSCGenome Browser - University of California,Santa Cruz Genome Browser

Types：DNA、基因表达、protein、RNA

Location：United States

网址：http://genome.ucsc.edu/

Citation：6429

z-index：428.60

6.      NCBI -National Center for Biotechnology Information

Types：disease、DNA、drug and chemical compound、基因表达、literature、metadata、phenotype、protein、RNA、standard,ontology and nomenclature

Location：United States

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Citation：16174

z-index：359.42

7.      PROSITE- Database of protein domains，families and functional sites

Types：protein

Location：Switzerland

网址：http://prosite.expasy.org/

Citation：8754

z-index：288.56

8.      BioGRID- Biological General Repository for Interaction Datasets

Types：interaction and network、modification、protein

Location：Canada

网址：http://thebiogrid.org/

Citation：4359

z-index：286.97

9.      InterPro- Protein sequence analysis & classification

Types：protein

Location：United kingdom

网址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/

Citation：5033

z-index：279.61

10.  PX - ProteomeXchange

Types：protein、standard,ontology and nomenclature

Location：United kingdom

网址：http://www.proteomexchange.org/

Citation：1059

z-index：246.22

RNA类

1.      miRBase- microRNA database

Types：RNA、standard,ontology and nomenclature

Location：United kingdom

网址：http://www.mirbase.org/

Citation：11326

z-index：792.82

2.      Ensembl- Ensembl

Types：DNA、protein、RNA

Location：United kingdom

网址：http://www.ensembl.org/

Citation：12662

z-index：775.55

3.      RDP -Ribosomal Database Project

Types：RNA

Location：United States

网址：http://rdp.cme.msu.edu/

Citation：11954

z-index：433.89

4.      UCSCGenomes Browser - University of California，Santa Cruz Genome Browser

Types：DNA、基因表达、protein、RNA

Location：United States

网址：http://genome.ucsc.edu/

Citation：6429

z-index：428.60

5.      NCBI -National Center for Biotechnology Information

Types：disease、DNA、drug and chemical compound、基因表达、literature、metadata、phenotype、protein、RNA、standard，ontology and nomenclature

Location：United States

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Citation：16174

z-index：359.42

6.      Rfam -RNA Families

Types：RNA

Location：United kingdom

网址：http://rfam.xfam.org/

Citation：3329

z-index：221.93

7.      TRANSFAC- a database on transcription factors and their DNA binding sites

Types：DNA、express、interaction and network、protein、RNA

Location：Germany

网址：http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html

Citation：7590

z-index：213.90

8.      FlyBase- Database of Drosophila Genes & Genomes

Types：DNA、protein、RNA

Location：United States

网址：http://flybase.org/

Citation：3836

z-index：159.83

9.      RefSeq- Reference Sequence Database

Types：DNA、protein、RNA

Location：United States

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

Citation：6794

z-index：154.75

10.  miRTarBase - miRNA Target Database

Types：基因表达、interaction and network、RNA

Location：Taiwan

网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/

Citation：899

z-index：128.43

结构类

1.      Pfam -Protein Families Database

Types：protein、structure

Location：United kingdom

网址：http://pfam.xfam.org/

Citation：19906

z-index：947.90

2.      ChEMBL

Types：drug and chemical compound、protein、structure

Location：United kingdom

网址：https://www.ebi.ac.uk/chembl/

Citation：1746

z-index：209.52

3.      CDD -Conserved Domain Database

Types：protein、structure

Location：United States

网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml

Citation：4407

z-index：200.76

4.      SWISS-MODEL- The SWISS-MODEL Repository

Types：protein、structure

Location：Switzerland

网址：http://swissmodel.expasy.org/repository/

Citation：7583

z-index：146.24

5.      CAZy -Carbohydrate-active Enzymes Database

Types：protein、structure

Location：France

网址：http://www.cazy.org/

Citation：553

z-index：138.25

6.      BRENDA- The Comprehensive Enzyme Information System

Types：interaction and network、protein、structure

Location：Germany

网址：http://www.brenda-enzymes.org/

Citation：706

z-index：99.85

7.      CATH

Types：protein、structure

Location：United kingdom

网址：http://www.cathdb.info/

Citation：1488

z-index：97.22

8.      RCSBPDB - RCSB Protein Data Bank

Types：structure

Location：United States

网址：http://rcsb.org/

Citation：853

z-index：91.64

9.      DisProt- Database of Protein Disorder

Types：protein、structure

Location：United States

网址：http://www.disprot.org/

Citation：838

z-index：63.82

10.  BMRB - biological magnetic resonance databank

Types：DNA、protein、structure

Location：United States

网址：http://www.bmrb.wisc.edu/

Citation：635

z-index：63.50

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