QIIME 2 2021.4发布啦

qiime2可以在galaxy中使用啦！
QIIME 2 2021.4发布啦，一起来学习下最新发布亮点！虚拟机生成将在下周的某个时候提供，下一版计划于 2021 年 8 月（QIIME 2 2021.8）发布，请继续关注更新。

发布亮点：

新界面接口q2galaxy

这是一个alpha版本，会自动生成工具描述

• 这意味着，当插件创建和演变时，我们可以在几秒钟内自动生成完整的 Galaxy 工具，而不是像通常那样手工开发它们（这应该是对开发者说的）。

• 此接口通过新插件q2-mystery-stew进行测试，产生553个集成测试。

• 有关如何使用的更多信息，请查看README或观看此视频在 Windows 上设置 Docker（在下面）。

• 请注意，这仍然是非常实验性的，如果你遇到的问题，请让我们知道！

• 因为它是阿尔法版本，仍然有一些限制：

  • 不能导入！但可导出
  • Conda 环境未预安装在docker上，因此安装 QIIME 2 需要一些时间，之后的作业将立即开始。
  • 可视化必须在 q2view 中手动查看，除非您的星系部署配置为 HTTPS 和 CORS 头（您可能需要galaxy sys-admin 的帮助）。
  • 语义属性尚未完全起作用，这可能会影响一些操作，这些操作使用它们作为历史选择器不会识别某些有效的输入。
  • TypeMap 目前不执行UI中的任何限制。（如果违反任何约束，框架当然会像往常一样出错。）
  • 仅支持 TSV 元数据，尚未有将artifacts 视为元数据或将其转换为表单格式的机制（此格式将很快可用）。

• 新插件：q2-mystery-stew （应该开发用的）

  • 此插件旨在通过生成大量具有不同输入和参数的操作来测试接口。它目前有553个测试，并在测试q2galaxy生成的工具方面发挥了重要作用。
  • 未来的工作将包括将此插件与其他接口（如 q2cli 和神器 API）连接起来。

• Python 的新版本 （3.8）

  • 现在， qiime-2-core中的所有QIIME 2包都是使用Python 3.8构建的！

  • 并非所有社区插件都有机会更新其 Conda 包以与 Python 3.8 配合使用，因此我们将继续支持 QIIME 2 2021.2 直到 2021.8 发布（目前计划于 2021 年 8 月下旬发布）

  • 对于一些有趣的事情，可以在这个版本中做的例子，看看这个

• QIIME 2 Framework

  • 修复了框架中阻止用户在某些条件下生成数据的问题，最显著的是某些网络文件系统（如 BeeGFS）（HPC 环境中常见）。当尝试在将文件压缩到Artifacts 之前（在幕后）移动文件时，问题会出现 - 我们通过回到文件系统复制操作（这可能有点慢，但在那些关闭的情况下应该按预期工作）解决了这个问题。

• 文档

  • 更新了Read Joining教程，以反映最新和最好的可视化可用！

  • 添加了新的加权Naive贝叶斯分类器将在此版本发布后不久发布-请观看此主题线程更新时，它们可用！

• q2cli

  • 修复了影响 Zsh 用户的无法在默认情况下启用tab自动完成。

• q2-dada2

  • denoise-paired增加了一个新的参数，使这种方法的用户能够控制最小长度的前进/反向重叠。此方法的的默认值12，和先前版本保持不变。

• q2-phylogeny

  • 更新了几个 IQ-TREE 2 和 RAxML 相关测试，以支持新版本的 RAxML (2)。

• q2-types

  • 重新构想的DNASequence只能接受DNA，而不是RNA序列。

  • 添加了 RNASequence和AlignedRNASequence类型。

  • 添加了RNAFASTAFormat 和其他相关的RNA格式。

  • 这意味着未来和现有插件可以更新以直接处理 RNA 序列数据。

• q2-sample-classifier

  • 添加了一个链接来下载RFE绘图的原始数据。

  • 调整 SVC和SVC_linear 以返回校准的概率值（如此处所述）而不是线性 SVC() 定义的SVC_linear()分类器（内核="线性"，表示不是太理解，估计涉及算法，不用太深究）。

  • 此更新还包括对所有分类器的验证，以在 0 到 1 之间输出预测概率。

• q2-diversity

  • 概率分析：添加了一个 Procrustes 统计输出，存储了差异 （m^2）、基于permutations的 p 值以及Procrustes适合。

  • procrustes分析：添加--p-permutations参数以选择permutations数来计算Procrustes分析的p值。

• q2-emperor

  • procrustes图：添加了一种方法来查看emperor的Procrustes图左上方的Procrustes统计值（p和m+2值）。

  • 更新，以取决于最新的emperor版本（1.0.3）。

• view.qiime2.org 2

  • 更新图库链接以反映最新版本 （2021.4）。

• q2-taxa

  • 更改条形图，以便现在提供样本元数据是可选的。如果未提供样本元数据，可视化将显示提供的样本元数据列数或 0 列。

  • 条形图的改进，以便在所有级别上，配色方案以相同的颜色显示最上面。

  • 进行了更新，以避免在执行分类合并时FeatureTable的密集显示。

• q2-longitudinal

  • 修正了 一个bug，matplotlib canvas 画布偶尔无法清除，导致设置轴标签等下游错误。

快乐的qiiming哟！