第七步-ballgown的相关参数

转自转录组差异表达分析工具Ballgown | Biochen生物

Ballgown的输入文件

StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件，Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballgown的输入文件。

一个有5个输入文件，分别是：

e_data.ctab，外显子水平表达量；

i_data.ctab，内含子水平表达量；

t_data.ctab，转录本水平表达量；

e2t.ctab，外显子与转录本的对应关系；表中有两列，e_id和t_id，表示哪些外显子属于哪些转录本。这些id与e_data和t_data表中的id匹配。

i2t.ctab，内含子与转录本的对应关系；表中有两列，i_id和t_id，表示哪些内含子属于哪些转录本。这些id与i_data和t_data表中的id匹配。

运行Ballgown

运行R

载入Ballgown包

library(ballgown)

载入数据，并创建一个ballgown项目

bg = ballgown(dataDir=’D:\extdata’, samplePattern=’sample’, meas=’all’)

指定分组，及重复样本数目：

pData(bg) = data.frame(id=sampleNames(bg), group=rep(c(1,0), each=3))

差异表达分析：

stat_results = stattest(bg, feature=’transcript’, meas=’FPKM’, covariate=’group’)

有些地方我写得不是很清楚，有一个英文的Tutorial写得非常好。

https://github.com/alyssafrazee/ballgown