Day3

学习在linux系统下安装软件

1 miniconda的下载与安装

miniconda是anaconda的轻量版，生信用这个就可以了

1.1 miniconda的下载

wege https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#wege是下载命令

国内下载国外软件较慢，可以使用镜像网站下载

1.2 miniconda安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
#下载完成的.sh文件是下载脚本，需要使用shell进行运行,所以需要用bash运行脚本文件

1.3 立刻激活安装后的设置

source ~/.bashrc
#.bashrc是用来保存用户特别的设置的文件
#source命令通常用于重新执行刚修改的初始化文件，使之立即生效，而不必注销并重新登录。
#所以这一步是要用source激活conda进行的设置

2 下载fastqc

2.1 添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

2.2安装fastqc

conda list
#查看软件列表
conda search fastqc
#查看fastqc软件版本
conda install fastqc -y
#下载

2.3 卸载fastqc

conda remove fastqc -y

3 设置conda environment
当想同时使用不同软件的不同版本而不相互影响时，可以创建新的conda environment

conda info --envs
#查看现在的conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#建立一个新的conda环境，名字叫rna-seq（注意这里不能大写），python版本是3，安装fastqc和trimmonatic
conda active rna-seq
#激活新的conda环境

这个时候再看conda环境时就发现*从base到了rna-seq上，就可以使用rna-seq环境中的软件版本了

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