2022-02-28 #文献阅读-提高风险预测研究中多基因分数的报告标准

Improving reporting standards for polygenic scores in risk prediction studies

Polygenic score (PGS)
a single value that quantifies an individual’s genetic predisposition to a trait. Typically calculated by summing the number of trait-associated alleles in an individual weighted by per-allele effect sizes from a discovery GWAS, and normalized using a relevant population distribution. Sometimes referred to as a genetic score.
量化个体对某一特征的遗传倾向的单一值。典型的计算方法是根据发现的GWAS中每个等位基因效应的大小，将个体中与性状相关的等位基因的数量相加，并使用相关的种群分布进行归一化。有时被称为遗传分数。

Polygenic risk score (PRS)
a subset of PGS that is used to estimate the risk of disease or other clinically relevant outcomes (binary or discrete). Sometimes referred to as a genetic or genomic risk score (GRS). See categories below
PGS的一个子集，用于估计疾病或其他临床相关结果的风险(二值或离散)。有时被称为遗传或基因组风险评分(GRS)。请参见下面的类别

Integrated risk model 综合风险模型
Integrated risk model. a risk model for the outcome of interest which combines PRS with other risk factors, such as demographics (often age and sex), anthropometrics, biomarkers, and clinical measurements
一种利益结果的风险模型，它结合了PRS和其他风险因素，如人口统计学(通常是年龄和性别)、人体测量学、生物标志物和临床测量

Categories of use for PRS and/or integrated risk models PRS和/或综合风险模型的使用类别
The addition of PRSs to existing risk models has several potential applications, summarized below. Each aims to improve individual or subgroup classification such that there is clinical benefit.
在现有的风险模型中加入生产者责任评估系统有几个潜在的应用，总结如下。每一种方法都旨在改善个体或亚组分类，以达到临床效益。

• 疾病风险预测 ——根据某些遗传和/或临床变量估计个人患疾病的风险。

• 疾病诊断——根据某些遗传和/或临床变量对个体是否患有疾病或疾病亚型进行分类

• 疾病预后——估计疾病诊断后进一步不良结果的风险

• 治疗——预测患者或亚组对特定治疗的反应

图 1：PRS 开发和验证过程的原型

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PRS 构建、风险模型开发和性能验证的典型步骤与 PRS-RS 指南的选定方面一起显示（以粗体标记）。在 PRS 开发过程中，与感兴趣的结果相关的变体（通常从 GWAS 中识别）被组合为等位基因计数的加权和。未显示优化变体选择（PRS 构建和估计）的方法。为了预测感兴趣的结果，PRS 被添加到风险模型中，并且可以与非遗传变量（例如，年龄、性别、血统或临床变量；统称为风险模型变量）相结合。在拟合程序以选择最佳风险模型后，该模型在独立样本中得到验证。应描述 PRS 分布，以及风险模型在区分、预测能力和校准方面的表现。尽管图中未显示，但训练样本也应报告这些相同的结果，以便与验证样本进行比较。在培训和验证队列中，应报告兴趣标准、人口统计、基因分型和非遗传变量的结果（表1 ) HLA，人白细胞抗原；HR，风险比；IDI，综合歧视改进；IQR，四分位距；NRI，净重分类改进；或，优势比； β，线性回归的效果估计。

表 1 多基因风险评分报告标准 (PRS-RS)

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PGS Catalog (www.PGSCatalog.org)：
存储PRS 和 GRS，此外，它还提供了可重用的分数(变量和效果权重)结构化数据库，以及PRS-RS中请求的元数据

GWAS Catalog：
储存GWAS summary statistic