2021-11-19 翻译组学技术对比

Ribo-seq

虽然核糖体图谱技术具有诸多优点，但该技术

• 操作相对比较复杂，
• 对样本的需求量大，
• 测序偏好性强，
• 成本较高，

而且影响 RPF 的因素众多，

• 如RNase I 可降解单链 RNA 片段，而双链 RNA 则不受影响 ；
• 此外，RNA 结合蛋白也可保护其结合区域的RNA 不受 RNase I 的降解而存留下来，但这些片段并不是处于被翻译的状态；
• 无法区分不动的核糖体还是翻译的核糖体
• 该技术检测的是蛋白质的编码区域，因此无法获得对翻译起调控作用的UTR 的信息。

RNC-seq

与多聚核糖体图谱技术相比，RNC-Seq 技术
比较简便，
RNA 回收容易，得率高。

但该技术离心后的沉淀物中

• 不仅包含单个核糖体，多聚核糖体，
• 还包括核糖体成分（如 40S、60S 核糖体亚基）（需要条件优化去掉）
• 以及其他高分子量复合物

TRAP-seq

RiboLace

以上技术面临的共同问题是无法区分翻译活跃的核糖体和处于停滞状态的核糖体。如果在翻译的过程中核糖体暂停或停滞在 mRNA 某个位置时，该位置上游核糖体聚集，RPFs 的丰度将会非常高，但该区域翻译活跃程度并不高。

RiboLace采用pull-down 技术将真正处于翻译状态的核糖体与处于翻译停滞状态的核糖体进行有效分离。尽管多聚核糖体技术主要用于研究生物个体或组织中的翻译组学，Seimetz 等成功将该技术用于研究哺乳动物特定细胞类型中的翻译组学。

reference:
魏康宁, 崔俊霞, 王梦蕾, 王丽, 李用芳. 翻译组研究技术进展[J]. 生物技术通报, 2019, 35(7): 222-229.